La capitanía de San José del Río Negro (en portugués: capitania de São José do Rio Negro) fue una de las capitanías del Brasil durante el período colonial.
Abarcaba los territorios equivalentes a los estados actuales del Amazonas y de Roraima.
En el gobierno de Lobo D'Almada, se dio la transferencia de la sede de la capitanía a la Barra del Río Negro (actual Manaus), permaneciendo allí entre los años 1791 a 1798, cuando regresó a Barcelos.
Finalmente, el 29 de marzo de 1808, durante el gobierno del capitán de mar y guerra José Joaquim Vitório da Costa, fue nuevamente transferida, en definitiva, a la Barra.
El 28 de febrero de 1821 las capitanías se convirtieron en provincias, y en el contexto de la independencia del Brasil (1822), los habitantes de la aldea se proclamaron independientes, estableciendo incluso un gobierno provisional.