En 1868 al estallar la Guerra de los Diez Años se incorpora al campo de batalla, al finalizar esta en 1878 con el Pacto del Zanjón, se une al movimiento autonómico y reinicia sus actividades literarias las que se vuelven más intensas, dicta y publica en La Habana sus célebres «Conferencias Filosóficas sobre Lógica, Psicología y Moral», más tarde ante el fracaso de su gestión como diputado a las Cortes de España representando a Cuba, rompe con el autonomismo.
A solicitud de José Martí en 1895, asume en Nueva York la redacción del periódico Patria, órgano oficial del independentista Partido Revolucionario Cubano (PRC), y en 1896 pronuncia la conferencia titulada «El Fracaso Colonial de España».
Sabía que los gobernantes inevitablemente se corrompían por el poder y por ese motivo escribió en 1922: Varona nunca se dejó atrapar por una postura filosófica encerrada o una corriente en particular, de ahí radica su grandeza.
Simpatizó la mayor parte de su vida con el positivismo sui generis que se manifestó en América Latina, pero también supo dejarlo a un lado y superarlo cuando comprendía sus limitaciones.
Fue autor de numerosos estudios, libros, ensayos, sobre temas muy diversos, entre los que podemos citar: