Tras esto, Núñez quedó bajo las órdenes del coronel Ricardo de Céspedes.
Núñez partió al exilio en Estados Unidos, donde fue un colaborador cercano de Martí y se nacionalizó estadounidense.
Desde los Estados Unidos envió armas, municiones y alimentos a Cuba, siendo jefe del Departamento de Expediciones hasta 1885.
Alcanzó el grado de mayor general en la Guerra Necesaria (1895-1898).
Se dedicó a organizar expediciones armadas revolucionarias hacia Cuba desde los Estados Unidos.