Sus estudios primarios los realizó en su ciudad natal, y los secundarios en el Colegio Nacional de la Capital.
Habiendo fallecido su madre cuando tenía tres años, Eduardo Schaerer se crio entre los bosques de Caazapá y el lago Ypacaraí junto a San Bernardino, colonia Suizo-Alemana fundada por su padre.
Su gabinete estuvo formado por: Eusebio Ayala, en Relaciones Exteriores; Manuel Gondra, en Guerra y Marina; Félix Paiva, en Justicia, Culto e Instrucción Pública; Jerónimo Zubizarreta, en Hacienda y José P. Montero, en Interior.
Durante su gobierno se inicia por primera vez un proyecto país desde una visión geopolítica internacional, comenzándose a trazar un modelo país que asume su centralidad subcontinental y su capacidad de articulación interregional, y en este sentido, y habiéndose concluido la vía férrea a Encarnación y su conexión con Buenos Aires, se inicia la construcción de la Vía Férrea al Brasil para llegar a Paranaguá y Santos, el 5 de marzo de 1914 se encomienda al Ferrocarril Central del Paraguay librar al servicio público una línea ferroviaria de Borja a Yguazú, siendo concretada hasta Abaí, e incluyendo además el proyecto de una ciudad portuaria fronteriza sobre el Paraná cuya fundación sería concretada durante el gobierno del Presidente Franco.
Igualmente, en 1913 recibe al Ministro austrohúngaro, baron Otto von Hoenning O'Carroll, enviado por su emperador Francisco José I de Austria, lográndose importantes acuerdos con la mencionada potencia europea, pero los siguientes conflictos bélicos desarrollados en Europa con la Primera Guerra Mundial, imposibilitaron dicho efecto ocasionando así, la drástica desaparición del mencionado imperio.
Durante su gobierno envió a más de 200 paraguayos a importantes universidades europeas, entre los que podemos citar promisorios hombres como Silvio Pettirossi, Bruno Guggiari, Nicolás Sarubbi, Tomás Romero Pereira, Pedro Ciancio, Pedro Calunga, Anselmo Jover Peralta y muchos otros.
Schaerer firmó los nombramientos de poetas y artistas, como Rubén Darío; Narciso R. Colmán; Leopoldo Ramos Jiménez; Eloy Fariña Núñez; Delfín Chamorro; Manuel Ortiz Guerrero; Modesto Delgado Rodas; Justo Pastor; Federico García; entre otros.
En 1916 al terminar su gobierno se contaron con casi 700 km de vías férreas.
Pero sobre todo debe mencionarse la construcción del ramal a Abaí que debía llegar hasta la frontera con el Brasil y así obtener otra salida al Océano para los productos de exportación.
En este sentido se dio continuidad a los grandes avances efectuados por Schaerer como Intendente de la Capital entre 1908 y 1911.
Con su gobierno se inició un periodo de estabilidad política y prosperidad económica que duró casi una década.
Colaboró cercanamente con todos los gobiernos liberales posteriores y siempre mantuvo una postura aperturista con representantes de otros partidos políticos, dio aviso de la crisis que dio inicio a las dictaduras del siglo XX y habiendo sido exiliado por el dictador Higinio Morinigo dedicó sus últimos días de vida a la preparación de una revolución no concretada contra el mismo, quien prohibió todo manifiesto o publicación en su memoria, e intervino el diario La Tribuna y otros medios de prensa opositora, iniciándose una larga persecución política en el Paraguay.