Hijo único de una típica familia suizo alemana, sus padres fueron Jakob Schaerer, concejal municipal de Vordemwald, Argovia; Suiza y Johanna Barbara Kuenzli.
Estudió en su ciudad natal y se casó con Catharina Carolina Mueller Hess, alemana de Unterambringen, Baden, llegando a tener con ella dos hijos, Jakob Emil Anton y Hans Otto, ambos suizos.
En 1861, un tercer hijo recién nacido falleció y unos días más tarde su esposa.
Quedando viudo a los 27 años, se aventuró al nuevo mundo convirtiéndose en colonizador y fundador de numerosos pueblos y colonias suizo alemanas en América del Sur.
Zarpó de Hamburgo, Alemania en 1862 y llegó a Montevideo.