[1]​ Finalmente en 1954, fue derrocado en un golpe militar, siendo sucedido por el presidente del Partido Colorado, Tomás Romero Pereira.

Romero Pereira entregó el poder al general Alfredo Stroessner, quien desde luego instauraría una larga dictadura que duró hasta 1989.

Federico Chaves constituye el último civil colorado electo previo a los gobiernos militares que le seguirían, su período fue uno de los más extensos en comparación con sus recientes predecesores llegando a durar cuatro años, 7 meses y 23 días.

Sin embargo, Chaves mantenía una relación paralela con la también viuda Isabel Lezcano González vda.

En dicho intento de golpe, fue ultimado el mayor José Vicente González, en la Caballería.

Molas López consolidó su presidencia al llamar a elecciones generales en abril de ese mismo año.

Su labor diplomática durante la guerra civil fue fundamental, ya que gracias a su contacto estrecho con los gobiernos de EE.UU y la Argentina, el gobierno paraguayo pudo ser abastecido tanto financiera como militarmente por ambos gobiernos.

Dicho rechazo generó que Uruguay rompiera las relaciones diplomáticas con el Paraguay, retirando su embajada de Asunción.

El racionamiento de los artículos esenciales constituía un renglón para que caudillos y aprovechados hicieran negocio.

Es aquí cuando Chaves decide nombrar como su nuevo Comandante en Jefe al General de Artillería Alfredo Stroessner.

El 4 de enero sobrevino la crisis que provocaría su salida del Banco Central.

Esteban López Martínez, ordenó un alistamiento de sus fuerzas y el Batallón 40 se mantuvo en máxima alerta.

El general Stroessner, Comandante en Jefe, comenzaba a despertar temor en el Gobierno debido a su creciente poder que amenazaba extenderse rápidamente fuera del seno de las Fuerzas Armadas.

La Caballería cada vez comenzaba a politizarse por intermedio de su jefe directo, el coronel Néstor Ferreira.

Esto había molestado en demasía a los altos jefes militares, quienes veían como las influencias políticas iban cercenando a las Fuerzas Armadas ante la mirada ya apática del presidente Chaves, quien había perdido todo poder de liderazgo.

Mientras que en la estructura colorada se debatía aún sobre quién podría reemplazar a Chaves, se realizaron diversos ofrecimientos, pero ninguno aceptó dicho desafío, mientras que en las cúpulas militares contrarias a Chaves ya se sabía que el sucesor de Chaves sería el general Alfredo Stroessner.

Mongelós", amigo de Méndez Fleitas y adherente por entonces del general Stroessner (terminaría, como otros tantos, traicionado luego).

Al enterarse de lo sucedido, Stroessner encaró a Chaves y lo increpó por haber permitido que Ferreira pasara sobre su autoridad.

La Primera División de Caballería, sin su comandante, quedó maniatada y no pudo entrar en combate.

Algunos analistas de aquella época se atrevían a señalar que el mayor inconveniente del Paraguay no era la pobreza sino la extrema ignorancia.

En 1954, en todo el país había solo 1.781 escuelas primarias que albergaban a 254.000 alumnos, para los cuales se contaba con 8.284 maestras.

Es importante fijarse en la diferencia existente entre los matriculados en la primaria (254.000) y los escasos 4.486 que cursaban la secundaria.

No podía acceder a préstamos extranjeros y solamente la ayuda de Estados Unidos salvó la situación.

En octubre de ese mismo año, el presidente Federico Chaves había designado como Ministro de Hacienda a Guillermo Enciso Velloso, ideológicamente coincidente con Méndez Fleitas en cuanto a la "necesaria" fuerte intervención del Estado en la economía del país.

En ello trabajaron Richard Berhendt, experto de Naciones Unidas, Enciso Velloso y Méndez Fleitas.

Dicho documento recibió no pocas críticas en nuestro país, porque mediante el mismo, supuestamente, se ataba el futuro económico del Paraguay a la Argentina de manera casi definitiva.

Por su parte Epifanio Méndez Fleitas, presidente del Banco Central, lo defendió de manera absoluta.

También la relación entre los Estados Unidos y Paraguay rindió sus frutos, ya que gracias a dichas relaciones se logró conseguir varios créditos económicos del gobierno de los Estados Unidos.

Ya anciano, retorna al país con la anuencia gubernamental para pasar sus últimos años.

Además sendos discursos fueron pronunciados por los doctores Hipólito Sánchez Quell y Alberto Nogués.