Tras permanecer durante dos temporadas en el club danés fue transferido al Liverpool F. C. donde obtuvo tres títulos a nivel nacional (una FA Cup, una Community Shield y una Copa de la Liga de Inglaterra).
[11] En la liga doméstica disputó ocho encuentros, ya que solo permaneció en el club hasta diciembre de 2006.
[16] Luego estuvo presente en otros tres encuentros de liga, que fueron victorias para su club (1:0 al Manchester City, 5:1 al Fulham, y 3:1 al Newcastle United),[15] finalmente el Liverpool terminó en la tercera posición con ochenta y dos puntos, a nueve del Chelsea Football Club, que resultó campeón del torneo.
[16] Durante esta misma temporada obtuvo su primer título inglés, la FA Cup, tras superar en la final al West Ham United por 3:1 en la tanda de penaltis.
[25] En dicha competición disputó doce encuentros y marcó un gol en la victoria por 1:0 sobre el Chelsea en las semifinales.
[41] No pudo estar presente durante los primeros encuentros de la temporada 2009-10 debido a una lesión en la espalda, por lo que en el mes de agosto fue sometido a una intervención quirúrgica, quedando fuera por seis semanas.
[44] Tras la llegada de Roy Hodgson al banquillo del Liverpool,[47] no se sintió muy cómodo durante los primeros encuentros de la temporada 2010-11, ya que era alineado como lateral izquierdo.
Hizo su primera aparición de la temporada 2012-13 el 18 de agosto en la derrota por 3:0 ante el West Bromwich Albion, concedió un penalti y además fue expulsado por cometer una falta sobre Shane Long.
[61] El 5 de octubre, firmó un nuevo contrato a largo plazo con su club.
El 9 de agosto de 2013, se confirmó que Agger se convertiría en el segundo capitán del equipo, en sustitución del retirado Jamie Carragher.
[67] Casi cinco meses después marcó su primer gol de la temporada en victoria por 1:0 ante el Hull City.
Finalmente su club obtuvo el subcampeonato con sesenta y tres puntos, producto de veintiséis victorias, seis empates y seis derrotas, dos puntos menos que el campeón Manchester City.
En su regreso al Brøndby disputó diecinueve encuentros y marcó un solo gol en la liga (victoria por 3:2 sobre el Midtjylland).
Finalmente su club finalizó en el tercer lugar con cincuenta y cinco puntos.
[73] En la siguiente temporada estuvo presente en veinticuatro partidos del campeonato nacional.
[76] Con este seleccionado participó en la Copa Milk 2003 finalizando en la cuarta posición tras ser derrotados por Estados Unidos en la tanda de penaltis por 5:4.
[78] Tras obtener la clasificación del torneo, fue incluido en la plantilla que participó en la Eurocopa y disputó tres encuentros, siendo eliminados en la primera fase al empatar dos encuentros y perder otro.
[81] En las eliminatorias para la Copa Mundial de Fútbol de 2010 marcó un gol en ocho encuentros, contribuyendo a que Dinamarca se clasificara para el Mundial tras seis victorias, tres empates y una sola derrota.
[82] En la Copa del Mundo formaron parte del grupo E junto con las selecciones de Japón, Camerún y los Países Bajos,[83] siendo eliminados tras dos derrotas (2:0 ante Países Bajos; 3:1 ante Japón) y una victoria (2:1 sobre Camerún),[83] con Daniel Agger de titular en los tres encuentros.
[80] Durante la clasificación para la Eurocopa 2012 la selección danesa finalizó en el primer lugar de su grupo con diecinueve puntos gracias a seis victorias y un empate.
[99] Es un calificado artista del tatuaje[100] y tiene una serie de dibujos en su cuerpo, incluyendo un vikingo en su brazo derecho con la cita Memento mori (Recuerda que morirás) y los nombres de sus hermanos en el pecho.
[103][104] En 2012 fundó The Agger Foundation con el objetivo de ayudar a los niños necesitados.