Su labor como centrocampista y en ocasiones como líbero le llevó a ser señalado como posible integrante de la pretemporada del equipo filial que en aquellos momentos jugaba en la Segunda División.

[6]​ En la temporada 1996/97, entrena al Club Atlético Osasuna, donde fue cesado por malos resultados tras solo 11 partidos.

Tras un principio de liga titubeante y una eliminación copera causada por una alineación indebida, parecía no acoplarse a su nuevo banquillo: en la jornada 17 era octavo.

Sin embargo, 7 jornadas después, tras ganar al Alavés, se colocó en primera posición; y en la jornada 37, en La Rosaleda, consiguió el triunfo en la competición de forma matemática, ganando un título liguero para el Valencia que se había hecho esperar 31 años.

[11]​ Dos años después, Rafael Benítez ayudó al Valencia a conseguir 2 títulos más: Liga[12]​ y Copa de la UEFA,[13]​ siendo con ello el entrenador que más títulos ha conseguido en la historia del club che.

[15]​ Su llegada al club red propició el fichaje de varios jugadores españoles, entre los que destacaron Xabi Alonso o Luis García.

Su primera temporada resulta exitosa, logrando ganar la Liga de Campeones,[16]​ título que Liverpool no festejaba desde 1984.

En la temporada 2005/06, el conjunto de Anfield comenzó ganando la Supercopa de Europa contra el CSKA Moscú[17]​ y terminó obteniendo la FA Cup[18]​ y mejorando su posición en Premier, finalizando tercero en la tabla.

[22]​ Finalmente, tras dejar al equipo en séptimo puesto en la Premier, Benítez rescindió su contrato con la entidad el 3 de junio.

[25]​[26]​ Comenzó la temporada ganando la Supercopa de Italia frente al Associazione Sportiva Roma.

[38]​ El SSC Napoli comenzó la Liga italiana con cuatro victorias en las cuatro primeras jornadas, igualando el segundo mejor comienzo de la historia del club,[39]​ derrotando en la jornada 4 al AC Milan en San Siro por 1-2, campo en el que Napoli no ganaba desde hacía 27 años.

[40]​ Posteriormente, el Napoli consiguió 28 puntos tras 11 partidos, siendo el mejor arranque de Liga en la historia del equipo.

[41]​ Pero en la Liga de Campeones no tuvo tanta fortuna: el sorteo lo mandó al "grupo de la muerte" y fue relegado a la UEFA Europa League en un triple empate a puntos con Arsenal y Borussia Dortmund.

[42]​ En la Serie A, el Napoli no pudo seguir el ritmo de la Juventus, pero terminó la primera vuelta como tercer clasificado.

[46]​ En la Liga comenzó con algunos resultados negativos,[47]​ lo que le hizo alejarse de la carrera por el título, quedando enfrascado en la lucha por el tercer puesto con otros equipos como la Sampdoria o el Genoa.

[54]​ Consiguió llevar al equipo blanco al liderato en las primeras jornadas de Liga, siendo además el equipo menos goleado;[55]​ pero dos derrotas consecutivas frente a Sevilla FC y FC Barcelona, esta última por un contundente 0-4 en el Santiago Bernabéu, le hicieron perder tales condiciones.

[60]​ Sin embargo, el técnico firmó un nuevo contrato de tres años con el club magpie,[61]​ y logró devolverlo a la Premier League tras una sola temporada.