En cada grupo se disputó una liguilla de ida y vuelta, en donde el ganador de cada grupo clasificó directamente para la Copa Mundial.
Los equipos que alcanzaron los segundos lugares fueron clasificados en función de los resultados obtenidos con los equipos que obtuvieron el 1º, 3º, 4º y 5º lugar de su grupo;[1] el equipo que en esta clasificación obtuvo el último lugar quedó eliminado del torneo y los ocho seleccionados restantes fueron emparejados para disputar la repesca.
Para el sorteo de los grupos, se propuso inicialmente un sistema similar utilizado en las clasificatorias para Alemania 2006 y la clasificación para la Eurocopa 2008, es decir, considerando los resultados en los dos últimos torneos clasificatorios europeos.
[3] ITA Italia ESP España GER Alemania CZE República Checa FRA Francia POR Portugal NED Países Bajos CRO Croacia GRE Grecia ENG Inglaterra ROU Rumania SCO Escocia TUR Turquía BUL Bulgaria RUS Rusia POL Polonia SWE Suecia ISR Israel NOR Noruega UKR Ucrania SRB Serbia DEN Dinamarca NIR Irlanda del Norte IRL Irlanda FIN Finlandia SUI Suiza BEL Bélgica SVK Eslovaquia BIH Bosnia - Herzegovina HUN Hungría MDA Moldavia WAL Gales MKD Macedonia BLR Bielorrusia LTU Lituania CYP Chipre GEO Georgia ALB Albania SLO Eslovenia LVA Letonia ISL Islandia ARM Armenia AUT Austria KAZ Kazajistán AZE Azerbaiyán LIE Liechtenstein EST Estonia MLT Malta LUX Luxemburgo MNE Montenegro AND Andorra FRO Islas Feroe SMR San Marino Los equipos quedaron encuadrados en los siguientes grupos: Clasificados para la Copa Mundial de Fútbol de 2010 Accedieron a la segunda ronda (play-offs) Eliminados en la primera ronda Fuente: [cita requerida]Archivado el 2 de mayo de 2009 en Wayback Machine.
Como el grupo 9 tuvo cinco equipos, cada selección jugó 2 partidos menos que el resto de las selecciones, debido a esto los clasificados a la repesca se verificaron en una tabla especial donde no se consideraron los resultados de los segundos en los grupos de 1 al 8, con los colistas (sextos en su grupo).