[6]​ Inició su carrera en 2003 en el Željezničar bosnio como mediocampista, pero sin éxito, ya que era considerado alto pero con mala técnica, además de no ser un jugador con gran regate.

Sin embargo, Jiří Plíšek vio su potencial como atacante, por lo que aconsejó al FK Teplice checo comprarlo, y poco después el Željezničar aceptó una oferta de 25 000 € por Dzeko.

Más tarde, ese mismo año, regresó al FK Teplice, jugando hasta 2007.

Debido a sus actuaciones, el entonces director técnico del VfL Wolfsburgo, Felix Magath, decidió ficharlo por 4 millones de €.

Džeko terminó la temporada 2007-08 con ocho goles y siete asistencias en 17 partidos iniciados.

En mayo de 2009, Džeko anotó un triplete contra el TSG 1899 Hoffenheim y otro triplete ante el Hannover 96 solo dos semanas después, contribuyendo a ganar la Bundesliga por primera vez en la historia del club.

Estas actuaciones dio lugar a competir por el premio del mejor jugador de la Bundesliga.

[9]​ El 28 de agosto de 2010, Dzeko se convirtió en el máximo goleador en la historia del club, con 59 goles en 96 partidos, superando a Diego Klimowicz, quien anotó 57 goles en 149 partidos.

[10]​ Después de pasar los exámenes médicos en Londres, viajó a Manchester entre el 5 y 7 de enero, Džeko fue confirmado como jugador del Manchester City, con contrato por cuatro años y medio.

Džeko comenzó su segunda temporada con el City al anotar el segundo gol del equipo en una derrota 2-3 contra sus rivales del Manchester United en la FA Community Shield.

En su tercer partido de esta temporada, Džeko anotó cuatro goles, completando un "hat-trick perfecto", siendo el último un golpe de zurda desde fuera del área, contra el Tottenham Hotspur.

Su cifra de seis goles en tres partidos se le reconoció como el jugador del mes en agosto.

[12]​ Desde entonces, ha dado con algunas metas importantes, como un cabezazo contra Wigan Athletic que selló una victoria crucial por 1-0 del City, ampliando la ventaja de su equipo sobre el United a tres puntos.

Posteriormente mantuvo estrecho margen ciudad dos puntos de ventaja sobre su rival local Manchester United.

Sin embargo, este comienzo ilusionante acabó siendo un espejismo, ya que Džeko, pese a ser el teórico delantero centro titular del equipo, solo marcó 10 goles en toda la temporada (39 partidos), arrojando una pobre media de 0,25 tantos por encuentro.

En la Serie A, Džeko marcó 16 goles en 36 partidos, y su equipo tuvo que conformarse con la 3.ª posición, 18 puntos por detrás del campeón.