[3] Una orden del rey Felipe III de 1618 reservó un puesto en la Suprema a un dominico, la orden que había dominado la Inquisición pontificia medieval y a la que pertenecía el primer inquisidor general Torquemada.[4] Las reuniones de la Suprema se solían celebrar por la mañana, y tres días por la tarde.A las sesiones vespertinas acudían los dos miembros del Consejo de Castilla, porque en las mismas era cuando se trataban los asuntos jurídicos.[6] Sin embargo, el Consejo ejercía sus funciones porque había un inquisidor general, ya que la autoridad de la Inquisición española para defender la fe y reprimir las herejías en los territorios de la Monarquía Hispánica emanaba del papa, que había renunciado a esta prerrogativa de la que gozaba en la inquisición medieval en favor de un inquisidor nombrado por él a propuesta del rey –"formalmente el inquisidor general recibe los poderes del papa, pero éste está obligado a nombrar a la persona propuesta por los reyes", afirma Joseph Pérez-.A principios del reinado de Felipe IV, las continuas disputas entre el Consejo y el inquisidor general, el cardenal Zapata, las zanjó este último cuando advirtió airadamente a los miembros de la Suprema que no se entremetieran en los asuntos que no eran de su incumbencia.Quedó todo en silencio, sin que nadie de los señores del consejo dijera más palabra ninguna, anotó el secretario.Pero las competencias de la Suprema nunca fueron claramente definidas, y su papel aumentará en aquellos periodos en que el inquisidor general "está dedicado a otras funciones –por ejemplo, cuando Cisneros tuvo que gobernar Castilla en dos ocasiones en calidad de regente-, o también cuando el inquisidor general pierde la confianza del monarca, como le ocurrió a Alonso Manrique entre 1529 y 1538-".[10] Entre las competencias del Consejo también se encontraba la organización y funcionamiento de los tribunales provinciales, aunque su creación dependía del inquisidor general, que era quien nombraba directamente a todo su personal –dos inquisidores, dos secretarios, un fiscal, un alguacil, un recaudador, un nuncio, un portero, un magistrado encargado de administrar los bienes secuestrados y confiscados, y un médico-, sin previa consulta al Consejo supremo.[12] A principios del siglo XVI se redujo el número de tribunales reagrupándolos para reducir gastos, aunque su estructura territorial definitiva no se establece hasta el siglo XVII.Además, tampoco se respetaban las fronteras entre los diversos reinos: por ejemplo, Orihuela al sur del reino de Valencia se pone bajo la jurisdicción del tribunal de Murcia.Desde este punto de vista, la Inquisición representa un primer avance en el camino hacia la centralización política".[22] Los expedientes relativos a los años 1730-1785 se hallan en este mismo archivo, incluidos en el fondo procedente del Real Acuerdo.El AHN conserva igualmente la documentación administrativa y contable relativa a la Inquisición aragonesa.
