El comandante peruano Moore, notando a su artillería ineficaz por la inexperiencia de sus marinos, ordenó emplear el espolón de la Independencia mientras la goleta chilena, para evitar esta arma, escapaba cerca a la costa aprovechando su menor calado.[5]: 276 También quedó el transporte Lamar; la primera por cuanto se efectuaban urgentes reparaciones en sus calderas.Debido a su mayor antigüedad, Prat quedó como jefe del bloqueo.[5]: 284–285 A pesar de esta oposición, la escuadra peruana zarpó el mismo 16 de mayo desde El Callao hacia Arica llevando a bordo al presidente Mariano Ignacio Prado en la nave insignia Oroya.Por su parte, el transporte Lamar se encontraba fondeado más cerca de la costa.Al reducirse la distancia, se identificó que dichas columnas de humo correspondían a los blindados peruanos Huáscar e Independencia.El transporte chileno Lamar[12] izó bandera estadounidense y siguiendo órdenes de Prat, abandonó la bahía rumbo al sur.[15] El Huáscar se dirigió sobre la Esmeralda mientras que la Independencia se dirigió sobre la Covadonga, la que luego de una hora de combate, abandonó el puerto y puso rumbo al sur navegando pegada a la costa.Luego, en la caleta Molle,[20] el comandante Moore al acercarse a la Covadonga, realizó disparos contra la nave chilena, haciendo fuego de estribor.La guarnición peruana en Alto Molle, conformada por el Zepita y el Dos de Mayo al mando del coronel Andrés A. Cáceres, también realizó disparos de fusilería contra la nave chilena.En el trayecto, Moore intentó espolonear a la goleta en dos oportunidades, pero la baja sonda impidió la maniobra,[24] ante lo cual Condell se acercó más hacia la costa.En esos momentos, aproximadamente a las 12:35, cuando la Independencia se aprontaba a embestir a la Covadonga con el espolón, la fragata peruana encalló en una roca que, según Moore, no figuraba en las cartas de navegación;[26] y aunque Aurelio García y García había reportado rocas en Punta Gruesa en 1863, no había hecho mención de rocas submarinas, escribiendo que todas eran visibles.[27] A consecuencia de este choque, se llenó completamente de agua la parte inferior del buque, apagándose los fuegos; y en un segundo y tercer choque se inundaron completamente las otras secciones.[31] Al respecto cabe precisar, que Moore escribió una carta a Condell un mes después del combate rechazando su informe, sobre la supuesta rendición y conversación entre ambos.En este punto la historiografía peruana -la misma que adultera el apellido Moore por More para no dar cuenta de su origen británico-, pierde la coherencia y así como validan la versión posterior del capitán peruano-británico que señala que nunca se rindieron, acusa a Condell de atacar a un barco rendido.Grau estimó entonces que la pérdida de la fragata era total y envió las embarcaciones del Huáscar por los tripulantes que aún se encontraban a bordo dando la orden de incendiar el buque.Según el historiador peruano Jorge Basadre, los acontecimientos del 21 de mayo fueron decisivos para la suerte de la campaña marítima y señalaron el destino que iba a tener la guerra.
