A su regreso a Iquique, el Cochrane tocó Huanillos y Pabellón de Pica, destruyendo o capturando las pocas lanchas que se habían salvado de la primera incursión chilena.

Williams determinó que la Esmeralda y la Covadonga se quedaran en Iquique para preservar el bloqueo, pero como deseaba contar con el capitán Thomson en su expedición al Callao, reorganizó los mandos navales.

Llamó Williams al capitán Prat y le entregó una carta cerrada con la orden de abrirla sólo el 20 de mayo, al mismo tiempo le encargó mantener el bloqueo mientras se ausentara la escuadra.

El pliego cerrado que el Almirante había confiado al Capitán Prat contenía un breve aviso del objeto de la expedición de la Escuadra, dirigido a Prat, y un oficio, conteniendo el mismo aviso, que este debía enviar al Gobierno en primera oportunidad.

Al día siguiente, luego que llegara el vapor Ilo de la Pacific Steam Navigation Company sin ningún mensaje para Williams o Sotomayor, zarpan del puerto el blindado Blanco Encalada y la cañonera Magallanes, dejando solo para el bloqueo de Iquique, a la Esmeralda y a la Covadonga.

En la noche del 17, el carbonero Matías Cousiño, al mando del marino británico Augusto Castleton, se perdió de vista frente a Camarones y la Escuadra siguió su derrota con la sola provisión de carbón que cada buque tenía a su bordo.

Este consistía en dividir a la escuadra en las siguientes secciones: La sección especial estaba conformada por las lanchas del Blanco Encalada, Cochrane y Chacabuco que estaban armadas con torpedos de botalón.

La táctica consistía en un ataque sorpresivo entre las 2 y 3 de la mañana o antes si fuera posible, en oscurecimiento total, usando el Abtao como brulote.

La Magallanes maniobraría par aprestar auxilio y recoger náufragos luego de incendiarse la Abtao.

Desde antes de que se iniciara la guerra, el Callao estaba artillado con 8 piezas pesadas.

Las lanchas recogieron un bote de un pescador italiano, cuyos tripulantes decían que los blindados peruanos, acompañados por 3 transportes, habían salido para el sur hacía ya cuatro días, y que llevaban tropas del Ejército a bordo.

El Huáscar regresó a Iquique para desembarcar al capitán de fragata Ramón Freyre, que había sido herido por esquirlas en las piernas, conjuntamente con el cirujano mayor Santiago Távara, quien le daba tratamiento médico.