Todos estos datos afirman que la colegiata de Santa María fue fabricada con ladrillo y en estilo mudéjar aragonés.Sin embargo, incurre en un error bastante común: señalar que la colegiata fue edificada en el año 40 cuando su construcción data de varios siglos después.Tampoco existen indicios de que el fuego haya alcanzado a la colegiata gótica.[8] Los fieles y la nobleza de Aragón colaboraron en las obras para restaurar los daños del incendio.[12] La Seo interpuso un pleito por la catedralidad que fue resuelto hasta 1676, cuando Clemente X fusionó los cabildos de la Seo y del Pilar, con lo que dio origen al Cabildo Metropolitano de Zaragoza.[13] Ya entrado el siglo XVI la iglesia gótica experimenta su transformación al estilo mudéjar.[15] También hubo reparaciones en la Santa Capilla, donde se cambió la verja del presbiterio por el cerrajero maestro Pedro de Escalantes, que creó una verja balaustrada y estañada con apariencia de platería rematada con festones dorados.[17] De los 138 sitiales originales solo quedan 124, pues algunos han sido reubicados en el presbiterio del altar mayor.En 1670 Juan José de Austria promovió la renovación del Pilar en estilo barroco.En la parte inferior se situaba el coro ya descrito, que medía 9,60 por 17,50 metros, en un suelo cubierto de jaspes.[30] La panda del sur se comunicaba con la iglesia mudéjar y la del oeste se abría al exterior, mientras que la del norte conectaba con la sacristía de la Virgen (3,60 por 3,60 metros, en cuyo espacio se hallaban las piezas de dos capellanes que velaban la imagen de la Virgen) y con el primitivo retablo dedicado a la Inmaculada Concepción.[31] También se encontraba el hoy extraviado sepulcro renacentista de Lanuza en la capilla homónima.[35] La parroquia del Pilar fue erigida en la primera mitad del siglo XVI con el objeto de evitar la concurrencia de ceremonias y mejorar la atención a la feligresía, aunque los bautizos siguieron celebrándose en la iglesia mayor.
