A fines del siglo XIX, por el año 1896, los hermanos bolivianos Luciano y Santos Adriázola, fueron los pioneros que descubrieron aquel lugar enclavado en el margen derecho del río Acre; y, con la decisión de fundar un asentamiento, lo bautizaron como “Bahía”, fungiendo como una barraca o establecimiento y puesto de explotación gomera, mismos fueron víctimados por las flechas de los indios caripunas.
Entonces, aquel centro gomero pasó a mano de Carlos Saravia e hijos.
En 1907 fue designado el diplomático Adolfo Ballivián Grimwood como Delegado Nacional, que empezó a ejecutar ciertas obras públicas en Puerto Bahía con el plan de establecer un nuevo puesto aduanero sobre el río Acre.
El año 1915 el Delegado Carlos Gutiérrez, dispuso que la capital del Territorio de Colonias fuese definitivamente la ciudad de Cobija, por el vertiginoso progreso que había alcanzado, desplazando a Porvenir como capital.
Para entonces, Cobija albergaba a una numerosa colonia de extranjeros llegados de lejanos lugares que habían venido atraídos por la fiebre del “oro verde” (la siringa o Fiebre del Caucho).
Salazar” que salió de Riberalta con destino a Puerto Maldonado, haciendo una escala en la barraca El Sena).
Las grandes embarcaciones llamadas “chatas” que venían a recoger la goma para llevarla después en barcos hasta los siempre ávidos e insaciables mercados de Europa, traían la más fina mercadería y productos lujosos para las barracas caucheras y para los habitantes y empleados de la Delegación.
José Salmón Ballivián en su obra “Por tierras calientes” decía de Cobija en 1929: “Tiene un aspecto peculiar, sui géneris que no es boliviano, es decir, no es colla, ni beniano, ni cruceño.
Tampoco es una ciudad brasileña ni tiene parecido a ninguna otra fuera del aire señorial que caracteriza a todas las poblaciones tropicales, adornada por nobles y aristocráticas palmeras.”Cuando los árboles de goma en Malasia comenzaron a producir el látex, el imperio del caucho se desmoronó en América del Sur en forma irremediable.
Los grandes comerciantes se marcharon de la ciudad, buscando un mejor futuro en otras latitudes.
Cobija sostuvo una relación duradera con la aerolínea estatal (en esa época) y aunque nadie puede indicar con exactitud en qué año comenzaron sus vuelos, se puede asegurar que el LAB operó en la ciudad por más de setenta años.
Esa actividad, aunque no generó ganancias directas para Cobija, logró que se empezara a mover la economía a través de los negocios y la provisión de víveres y lubricantes para las grandes barcazas extractoras de oro y la numerosa gente que trabajaba en ella.
Así mismo, se declaró alerta roja en el municipio y 120 familias fueron trasladadas a cinco albergues habilitados.
La población de Cobija se ha incrementando mucho durante estas dos últimas décadas.