Su centro de conexiones principal es el Aeropuerto Internacional Jorge Wilstermann, ubicado en el centro del país, desde donde opera la mayoría de su red de vuelos domésticos y su base secundaria es el Aeropuerto Internacional Viru Viru en Santa Cruz de la Sierra, desde donde opera vuelos internacionales hacia países en Sudamérica, Cuba, Estados Unidos y España.

[5]​Tras la quiebra de la segunda aerolínea más grande del país, AeroSur, BoA se convirtió en la única aerolínea principal de Bolivia, llegando a alcanzar una participación del 78% en el mercado aéreo nacional.

[8]​[9]​ El Lloyd Aéreo Boliviano (LAB), la aerolínea bandera de Bolivia por más de 8 décadas, arrastraba varios problemas financieros que originaban desde 1994, año en que la empresa cayó en una fuerte crisis económica a cause de su capitalización por parte del gobierno.

[10]​ En 1995, la empresa brasileña VASP adquirió el 50% de las acciones del LAB.

[23]​ Posteriormente, el 20 de noviembre del mismo año la aerolínea inauguró la ruta hacia São Paulo.

[26]​[7]​ En diciembre del mismo año, Boliviana de Aviación añadió a Madrid a su red de destinos siendo éste el primer destino fuera del continente americano y reemplazando el servicio que ofrecía anteriormente AeroSur.

En mayo de 2014, la aerolínea inauguró vuelos regulares hacia Miami utilizando inicialmente las aeronaves Boeing 737-300 que tenía en su flota.

En la planta se encuentra el área administrativa financiera y la Gerencia Regional.

La filial estrenó su primer vuelo hacia la ciudad turística de Uyuni y tenía planeado comenzar vuelos regionales a las localidades remotas de Guayaramerín, Riberalta, Rurrenabaque, Monteagudo y Chimoré.

[46]​ Boliviana de Aviación ofrece la clase económica en toda su flota.

[47]​ La clase ejecutiva es ofrecida en vuelos internacionales y está solamente disponible en las aeronaves A330.

En los nuevos A330 tienen una configuración de 1-2-1 asientos que se convierten en cama, tiene entretenimiento a bordo y un ambiente moderno.

En vuelos nacionales se ofrece un servicio de bebidas no alcohólicas y snacks.

Actualmente, Boliviana de Aviación vuela a 5 destinos internacionales.

Boliviana de Aviación utilizó las siguientes aeronaves: Hasta la fecha, Boliviana de Aviación no se ha visto envuelta en ningún accidente grave.