Desde muy niño, Flores se mudó a vivir a la ciudad de Cobija del departamento de Pando donde creció, empezó y terminó sus estudios primarios y secundarios en esa misma ciudad.
Actualmente está casado con Silvia Zambrana Lara con la cual tiene dos hijas.
Abandonó el MIR para crear su propia agrupación política llamada Movimiento Amazónico de Renovación (MAR) el cual actualmente es aliado del Movimiento al Socialismo (MAS-IPSP).
Flores se fue arraigando en el Movimiento Al Socialismo (MAS) hasta ser líder regional, por lo que tras dejar la gobernación pandina se postuló y fue electo como senador del MAS por Pando.
Tras la conocida división del MAS-IPSP en dos facciones, afinales de 2023, Luis Flores tomó liderazgo nacional como uno de los principales asambleístas que apoyaban al ex Presidente Evo Morales.