En 1989, el MIR logró la tercera mayor votación en las elecciones y contra todo pronóstico, su líder Jaime Paz Zamora se hizo con la presidencia, tras una alianza con su antiguo enemigo político de los años de la dictadura, Hugo Banzer Suárez quien contaba con la segunda mayoría.
[9] El año 2002 las elecciones generaron nuevamente tensiones al llegar 3 candidatos con porcentajes muy cercanos y siendo el MIR la 4° candidatura: La presión internacional hacía que se evitara que Evo Morales llegara a la presidencia.
Por otro lado existían precedentes de las tácticas políticas que Jaime Paz Zamora utilizaba para lograr la presidencia.
Ante la nueva crisis institucional que se genera como consecuencia a la renuncia del Presidente Carlos Mesa Gisbert el 10 de junio de 2005, la presión popular impidió que el Presidente del Senado y sucesor constitucional, Hormando Vaca Díez, militante del MIR y su candidato presidencial, asumiera la Presidencia Interina de la República.
Posteriormente la pérdida de visibilidad pública hizo que sus militantes pasaran a ingresar en otras formaciones de reciente creación como el liberal conservador Poder Democrático Social (Podemos) y el liberal Unidad Nacional (UN).