La compañía fue fundada en el año 2000, su nombre proviene de la frase "A Más Zonas" que tiene un sonido idéntico a "Amazonas", y durante un breve periodo tuvo un acuerdo de código compartido con Gol Linhas Aéreas y un acuerdo Interlíneal con StarPerú para su ruta entre La Paz-Lima.
Inicialmente, Amaszonas Línea Aérea operaba vuelos fletados utilizando una pequeña flota de aviones turbohélice Cessna 208 Caravan y Fairchild Swearingen Metroliner.
En 2015 la aerolínea boliviana compró la uruguaya BQB Líneas Aéreas 5 días después de que la empresa cerrara sus operaciones debido a una crisis iniciada en 2014.
En 2015, Amaszonas Línea Aérea anunció la creación de una filial en Paraguay, Amaszonas Paraguay,[3] que realizó su vuelo inaugural el 11 de septiembre del mismo año en la ruta entre Asunción y Ciudad del Este.
[4] Hasta 2018, la empresa incorporó cuatro unidades del CRJ200, que volaban a destinos domésticos e internacionales en Argentina, Bolivia, Brasil, Chile y Uruguay.
Esto fue debido a deudas que Amaszonas arrastraba con el arrendador de los aviones GY Aviation Lease 1816.