La ciudad más grande y el centro administrativo del municipio es la ciudad de San Borja, que cuenta con 10 distritos y una población total de 40.864 habitantes (2012), ubicada el centro del municipio.

Al norte del municipio se encuentra la Laguna Cara de Caballo, cerca al límite municipal con Santa Rosa de Yacuma.

La ciudad principal más cercana es Rurrenabaque, a 100 km al noroeste de San Borja.

Según la Ley 1669 del año 1995, dicha provincia consta de cuatro secciones (municipios) que son las siguientes: El municipio cuenta con 10 distritos.

Y, si un día la Patria adorada, viese hollada su Santa Heredad, los borjanos blandiendo una espada, lucharemos por nuestra libertad.

San Francisco de Borja fue el hombre que, imbuido de Célico amor, te ha legado la vida y el nombre, y la luz del supremo creador.