Los gobiernos departamentales son encabezados por gobernadores electos mediante el voto popular.
El sí a la autonomía departamental triunfó en los departamentos de Santa Cruz (71,1%), Tarija (60,8%), Beni (73,8%) y Pando (57,7%), por lo que una vez puesta en vigor la nueva constitución podían establecer su autonomía departamental.
La constitución nacional de 2009 evitó el federalismo, pero estableció cuatro categorías de autonomías, con la organización territorial del Estado en municipios, regiones, departamentos y territorios indígenas originario campesinos, con competencias para gestionar sus propios intereses si optaban por la autonomía.
La nueva constitución no obliga a los departamentos a optar por el régimen autonómico, pero el 6 de diciembre de 2009 se llevó adelante un nuevo referendo en los 5 departamentos que habían rechazado la autonomía en 2006, siendo aprobada en los 5: Chuquisaca (84,6%), La Paz (78,4%), Cochabamba (80,3%), Potosí (81,6%) y Oruro (75,7%).
Esta asamblea elabora las leyes autonómicas, que se aplican en el territorio del departamento.