En 1506 se comenzaron las obras del nuevo castillo sobre los restos de la antigua fortaleza, que fue destruida casi en su totalidad, conservando solo algunos lienzos de muralla y el aljibe que se encuentra bajo el patio.En el castillo hay que diferenciar dos grandes ámbitos: la zona militar y la zona palaciega que estaban conectadas entre sí por un puente levadizo, hoy convertido en pasarela fija de acceso.Así, el adarve exterior, de obligada circulación para los soldados, en la zona del patio, se realizaba por un corredor bajo el mirador de levante que no interfería en las actividades que se puedan estar realizando en la parte palaciega.Esta forma, que se adapta a las irregularidades del terreno, intenta crear ángulos para proporcionar mejores defensas en caso de asedio.Toda la construcción está dominada por la Torre del Homenaje, que constituye una estructura defensiva independiente dentro del recinto y que estaba preparada para aislarse en caso de asedio, por ello tiene un aljibe en su base.El patio del castillo presenta una planta alargada, con una entrada lateral en recodo que recuerdan una estructura constructiva musulmana que, con este tipo de puerta, evita la visión directa del interior desde el vestíbulo.Otro detalle singular del castillo es la proliferación de elementos decorativos en él, como las características esferas que aparecen rematando sus almenas.Entre los fragmentos adquiridos por Goldberg se encuentran los diez frisos tallados en madera que decoraban dos salas contiguas al patio.Ese mismo año fueron revendidos a Émile Peyr, un decorador y escultor francés.[3] Era un momento en el que en Estados Unidos estaba en auge la moda de la arquitectura renacentista.En 2019 una investigación del CSIC concluye que el magnífico artesonado de las salas nobles había sido adquirido en Nueva York[4] y llevado a México por el empresario y coleccionista queretano Nicolás González Jáuregui.Estos últimos más adelante serán derribados porque según los nuevos técnicos estaban mal ubicados.Tienen como finalidad facilitar el uso del castillo para fines turísticos y actividades culturales.Se recuperaron los volúmenes originales del patio y de las habitaciones vinculadas a él.Y por último, en una tercera fase se llevarán a cabo mejoras en el entorno exterior del monumento así como en su musealización.