Enviudó en 1497 y pasó un tiempo en Italia, donde conoció la arquitectura renacentista.

A su vuelta a España se volvió a casar con María de Fonseca y Toledo, saltándose la prohibición expresa de la reina Isabel, por lo que estuvo en prisión hasta la muerte de la reina.

[4]​ La presencia de Cenete en Italia hizo que llegasen a La Calahorra el genovés Michele Carlone y otros artistas que por fin se encargaron del patio, la escalera y algunas portadas, aportándoles el estilo del nuevo Renacimiento.

Se trasladó definitivamente a Valencia, cuando su hermano fue nombrado Virrey.

Fue asesinado al finalizar el conflicto durante una disputa[6]​ por causas inciertas en Valencia, donde fue enterrado en el Convento de Santo Domingo.