En la galería de levante se abre además el aula capitular, magnífica estancia abovedada cuya construcción data como se ha dicho de principios del siglo XIV.
Se mantiene íntegra, en cambio, la capilla de los Santos Reyes, comenzada a construir en 1431 a expensas de Alfonso el Magnánimo y concluida en 1436 por Juan II.
La singular cubrición de este noble recinto mediante bóveda de crucería anervada le otorga un interés excepcional, insólito; consta esta bóveda de tres tramos, oblongos los dos primeros y hexagonal el recayente al presbiterio pues, aunque de planta rectangular la capilla, sendas trompas a cada ángulo del muro testero permite tan ingeniosa transición espacial.
Destaca de esta estancia su portada, entre gótica y renacentista, la cubierta abovedada también sin nervios y la doble escalera helicoidal, carente de eje de piedra, que comunica con la terraza, escalera ésta sumamente ingeniosa por permitir el subir y bajar simultáneamente dos personas sin cruzarse.
Paralelamente a la construcción del campanario fue construida la sacristía mayor, vasta sala abovedada situada entre el aula capitular y el lienzo norte del claustro, y que, como ésta, ha sido objeto de repristinación reciente por su fachada posterior, visible en la actualidad desde el Paseo de la Ciudadela.