[4][5] El equipo juega en la Primera división del fútbol colombiano desde el 2023 después de haber asegurado el ascenso.
[11][12] Desde el año 1997, el exfutbolista Eduardo Pimentel empezó a gestionar la creación del equipo.
[16][17] En la Temporada 2001 cumplió una buena campaña en la segunda división, llegando al cuadrangular final y luchando hasta el último momento por el ascenso a primera división, aunque al final fue superado por el Deportes Quindío.
Desde que jugaba en la Primera B Chicó cambió varias veces de escenario.
[40][41] Luego del ascenso, en la temporada 2004, el club accedió a los cuadrangulares semifinales durante el Torneo Apertura.
[42][43][44] El conjunto Bogotano finalizó en el puesto 17 salvándose por cuatro puntos de descender a la Primera B.
[56][57] El estratega argentino en la temporada 2005 logró el objetivo de mantener el equipo ajedrezado en la primera división.
[67][68][69] Ya en la temporada 2007 logró el tercer mejor puntaje del año,[70] clasificando a la Copa Libertadores 2008.
[73][74] El rival del club ajedrezado en la primera fase fue el Audax Italiano de Chile.
En el Torneo Apertura 2004, cuando jugaba en la ciudad de Bogotá, donde fue superado en el Grupo B por Independiente Medellín.
[79][80] Ya en Tunja, logró clasificar en el Torneo Finalización 2006,[81][82] donde fue superado en el Grupo A por Deportes Tolima.
[92][93][94] En el Torneo Apertura 2009,[95][96] donde quedó último del Grupo A,[97] el cual ganó Once Caldas.
[113][114] Después de la eliminación en Copa Libertadores, el equipo se enfocó en el torneo local, llegando a la final del Torneo Apertura[115] donde quedó segundo de la tabla de posiciones con 32 puntos,[116] logró quedar líder del grupo B con diez puntos superando a Independiente Medellín, Deportes Quindío y Deportivo Cali.
En la definición por penales, los ajedrezados ganaron el título de la Copa Mustang al vencer 4-2 a los Diablos Rojos,[128][129][130] consiguiendo así el primer título de la Categoría Primera A para el conjunto boyacense,[131][132][133] el argentino Miguel Caneo se consagró como la gran figura del equipo, siendo el goleador del campeonato con 13 tantos.
[136][137] El cofundador del club renunció a su cargo como presidente, por los problemas económicos de la institución, y sus diversos conflictos con el arbitraje nacional.
[141] Debido a la crisis económica que afronta el club, este tuvo que aceptar las renuncias de Néstor Salazar, Rubén Darío Velásquez, Víctor Danilo Pacheco, Leonardo Fabio Moreno y Frank Pacheco.
Para la segunda parte el partido fue diferente, se tornó confuso en el centro del campo y el buen fútbol exhibido en los primeros 45 minutos brilló por su ausencia.Pero de a poco, las dos escuadras fueron tomando la iniciativa para abrir el marcador que pudo lograrse al minuto 80, cuando Adrián Vélez, árbitro central del compromiso, decretó un tiro penalti a favor de Millonarios que Mayer Candelo cobró y que fue atajado por Cristian Bonilla.
Sin embargo, faltando 4 minutos para el final, Mayer Candelo compensó su error al anotar el 1-0 para el equipo local.
El equipo tuvo que luchar las 16 fechas del campeonato para clasificar entre los ocho primeros.
[220][221] En el segundo semestre, el ajedrezado quedó noveno y no pudo acceder a la fase final.
[235] En el Torneo Apertura 2018 el Boyacá Chicó comenzó anémicamente perdiendo cada encuentro, hasta el encuentro contra Independiente Santa Fe, en el cual ganó 3-1 en La Independencia; sin embargo, las otras fechas no se dieron y, como resultado, la crisis de puntos llevó al equipo a ser el colero de la tabla general del Torneo Apertura.
En el Torneo Finalización no se logró superar esta crisis, lo que llevó a que el 26 de octubre del 2018, tras el empate 1-1 en el Estadio La Independencia por la fecha 17 contra Deportivo Pasto, se confirmara su segundo descenso.
[236][237][238] En el Torneo Apertura de la Primera B 2019 clasificó en la quinta posición del todos contra todos,[239][240] terminando segundo en los cuadrangulares,[241][242][243] siendo superado por Deportivo Pereira y sin la opción de llegar a la final del primer semestre.
Anexo:Partidos disputados del Boyacá Chicó en Primera división Mejores puestos en los campeonatos: Juan Carlos Álvarez [[]] Bonner Mosquera José Giraldo Nicolás Pimentel Lina Mesa Jairo Rojas