Tiempo después Delio "Maravilla" Gamboa lo convence de regresar a Millonarios, al conseguirle una beca completa en otra universidad y paralelamente continuar jugando con el equipo embajador.
Ingresó faltando 15 minutos, técnico Miguel Augusto Prince lo envió al campo por Carlos Rendón.
A pesar de su edad, siguió demostrando su entrega por el club y renovó por 4 años.
En 2006 el entrenador Juan Carlos Osorio le comunica a Bonner que no contaría con él para la siguiente temporada por lo que se retira, habiendo jugado en Millonarios 550 partidos (523 por liga y 27 por torneos internacionales).
Estadísticas en Millonarios A su retiro sigue vinculado al club en primer lugar como entrenador en las Divisiones menores.