Retornó en varias oportunidades a Quilmes, donde se convirtió en uno de los ídolos históricos disputando 212 partidos y marcando 51 goles.

Durante un partido contra Independiente en 2003 en La Bombonera, ante las críticas de un plateísta hacia Caneo, Bianchi respondió "Si no te gusta, andate.

Continuó su carrera en Quilmes, donde disputó la Copa Libertadores 2005 y marcó el segundo gol lo que sería un histórico empate 2-2 contra el São Paulo en el Estadio Centenario.

[6]​ En 2008 por petición del entrenador Alberto Gamero fue contratado por el equipo colombiano Boyacá Chicó como refuerzo para disputar la Copa Libertadores 2008.

Finalizando el semestre, terminó el préstamo con Quilmes, pero acordó renovando con el equipo Cervecero para volver a jugar en la Primera División Argentina nuevamente.

[cita requerida] Una vez finalizado el partido, Miguel Caneo se retiró aplaudido por la platea del equipo rival, un hecho inusual en el fútbol argentino.

[cita requerida] Durante la temporada también marcó goles importantes contra Newell's y Tigre.

[cita requerida] Caneo contó en la revista El Gráfico su encuentro con su ídolo Diego Armando Maradona: "Lo conocí en persona en un boliche.