En 2007 ingresó a las divisiones inferiores de Santa Fe, equipo del cual es hincha.
Tras varios años de proceso en las inferiores, Sebastián debutó profesionalmente en 2014 a manos del técnico argentino Gustavo Costas, en un partido válido por la Copa Colombia.
Ese mismo año fue convocado para representar a la Selección Colombia Sub-20 en varios partidos amistosos.
[1] En 2015, Sebastián fue uno de los jugadores destacados de Santa Fe, jugando partidos de la Liga Águila, la Copa Libertadores, y la Copa Sudamericana, teniendo destacadas actuaciones y alternando la titularidad con Yeison Gordillo.
Para el 2016, Salazar sigue siendo parte de la nómina del equipo albirrojo, jugando más de 16 partidos, y anotando su primer gol como profesional en la Copa Libertadores, frente al Cobresal.