[2]​ Ganó la Copa Rommel Fernández en el año 2011 venciendo en la final al CA Evolución 4-0,[3]​ obteniendo el derecho de jugar en la Liga Nacional de Ascenso, años después se coronó campeón de la LNA Apertura 2015, actualmente es el Súper Campeón de la Liga Ascenso Cable Onda LNA y tiene el boleto a la LPF.

Con 0 puntos en la tabla y al no obtener resultados durante el Torneo Clausura 2019, a partir de la novena fecha, José Anthony Torres es reemplazado de su cargo como director técnico por el ex selección nacional Carlos Rivera.

[4]​ Ezequiel Quiroz fue registrado ante FEPAFUT como técnico interino, siendo el último jerarca del club deportivo, aunque nunca llegó a dirigirlos producto de los acontecimientos que suscitaron en aquel momento.

En julio de 2016, el Santa Gema FC quedó envuelto en un escándalo, luego que se diera una investigación por parte de la Fiscalía Tercera Anticorrupción, detectando supuestos pagos a jugadores y miembros de la directiva del equipo, a través de la planilla institucional del municipio de Arraiján (ya que el dueño del equipo, Pedro Sánchez Moro, fue alcalde del distrito en ese entonces).

Sánchez Moro confirmó que los jugadores y directivos del equipo fueron contratados como empleados municipales.