Tomó su nombre del Couvent des Bons-Enfants, un antiguo monasterio del siglo XVII en el centro de Maastricht que acogió sus instalaciones entre los años 1951 y 1978.
El edificio actual fue construido en 1995 por el –arquitecto italiano Aldo Rossi.
Se encuentra a orillas del río Mosa en el barrio Céramique, una antigua zona industrial reurbanizada en los años 90.
El Bonnefantenmuseum presenta una interesante combinación de períodos artísticos.
En 2006, un préstamo de larga duración del arquitecto belga Charles Vandenhove y su esposa Jeanne reforzó considerablemente la colección de posguerra.