Aunque la mayoría de los barcos franceses superaron la persecución británica, un transporte fue revisado y obligado a rendirse, mientras que el buque insignia de Perrée, Généreux, fue interceptado por la fragata mucho más pequeña HMS Success.
El retraso causado por el enfrentamiento permitió que el cuerpo principal de la escuadra británica alcanzara al barco francés y, muy superado en número, Généreux se rindió.
[3] Généreux navegó hacia el norte a Corfú, encontrando y capturando el barco británico de cuarta clase HMS Leander en ruta.
[4] Los otros barcos, Guillaume Tell y dos fragatas bajo los contraalmirantes Pierre Charles Silvestre de Villeneuve y Denis Decrès, navegaron hacia el oeste a Malta, llegando justo cuando la isla estaba bajo asedio.
[5] En Malta, la supresión de la Iglesia católica bajo el dominio francés había sido extremadamente impopular entre la población maltesa nativa.
[6] La guarnición, que contaba con aproximadamente 3000 hombres, tenía reservas limitadas de alimentos, y los esfuerzos para traer suministros por mar fueron restringidos por un escuadrón de barcos británicos y portugueses estacionados frente al puerto.
[12] Mientras los franceses planeaban su refuerzo, la Royal Navy se preparaba para reemplazar a los 500 marines portugueses estacionados en Malta con 1200 tropas napolitanas suministradas por el rey Fernando.
El propio Keith permaneció frente a La Valeta en Queen Charlotte, observando al escuadrón en el puerto.
[17] Généreux no pudo seguirlo, ya que hacerlo pondría al barco francés en acción con Alexander, y en su lugar aburrió, manteniendo la posición.
En esta etapa, sin embargo, Perrée ya no estaba al mando: un disparo desde el primer costado había arrojado astillas en su ojo izquierdo, cegándolo temporalmente.
[16] Foudroyant disparó dos tiros contra el buque de guerra francés, momento en el que los desmoralizados oficiales franceses dispararon un solo costado a los barcos británicos que se acercaban y luego se rindieron,[18] a las 5:30.
- Capitán Alexander Ball, citado en Nelson: The Essential Hero, de Ernle Bradford, 1977.
[19] La Armada francesa no hizo más esfuerzos para llegar a Malta, y todos los esfuerzos posteriores de los buques de guerra franceses para romper el puerto se encontraron con el bloqueo, solo una fragata se abrió paso y llegó a Francia.
[27] El 4 de septiembre, Vaubois finalmente capituló, entregando la isla a los británicos, que la retuvieron durante los siguientes 164 años.