Tras la Revolución francesa, Villeneuve se exilió al igual que muchos militares de situación similar a la suya.
Se ha especulado con la posibilidad de que en realidad Villeneuve simpatizase con los ideales revolucionarios, aunque no existe ninguna prueba en este sentido, y probablemente su reincorporación a la armada se debió tan solo a un sentido práctico para conservar su trayectoria profesional.
Para despistar las defensas británicas, Villeneuve navegó hasta las Indias Occidentales, donde se había planeado el encuentro con la flota española y con la flota francesa procedente de Brest, atacar las posesiones británicas en el Caribe, volver cruzando el Atlántico para destruir las patrullas del canal de la Mancha y escoltar a la Armée d'Angleterre desde sus campamentos en Boulogne hacia la victoria en Inglaterra.
Una vez en las Indias Occidentales, Villeneuve esperó durante un mes en Martinica, pero la flota del almirante Ganteaume, atracada en Brest, no llegó.
Villeneuve se veía presionado por los oficiales franceses para que comenzara a atacar las posesiones británicas del Caribe, aunque únicamente acometió alguna acción menor.
La flota franco-española se vio bloqueada en Cádiz por Nelson, y en septiembre Napoleón ordenó a Villeneuve navegar a Nápoles para despejar el Mediterráneo del hostigamiento de los buques ingleses, pero tampoco obedeció esta orden, permaneciendo en puerto.
No obstante, hay otras posibles soluciones a este desenlace, tales como el asesinato por parte de agentes del régimen napoleónico.