En la basílica de San Eustorgio permaneció el gran sarcófago, en cuya tapa se tallaron una estrella y una inscripción del siglo XVIII Sepulcrum trium Magorum; además, siempre según la tradición, en la ciudad de Milán se quedó sólo con una medalla hecha con una parte del oro donado por los Reyes Magos a Jesús, que se muestra en cada Epifanía cerca del gran sarcófago.
A partir del siglo XIII, la basílica se convirtió en la sede principal de la Orden Dominica en Milán.
[5] Entre los siglos XV y XVI fue prior de la basílica Teodoro da Sovico, conocido por su confesionario.
En el ángulo izquierdo, junto a la fachada del convento de los dominicos, se encuentra el púlpito desde el que predicaba el inquisidor Pietro Martire.
La Ancona della Passione, encargada a finales del siglo XIV por Gian Galeazzo Visconti, realizada por varios escultores, incluido Jacopino da Tradate, se colocó como decoración del altar mayor: el políptico de mármol se compone de nueve paneles esculpidos en relieve.
La exposición del órgano está compuesta por tubos principales dispuestos en forma de empalizada con caja limitada a la base.
Acoge un políptico del siglo XV, obra maestra de Ambrogio da Fossano, que representa una Madonna con bambino San Giacomo apostolo e Sant'Enrico vescovo.
El monumento fue encargado por su hijo Giovanni Francesco Brivio al escultor Francesco Cazzaniga y completado después de la muerte de este último (1486) por su hermano Tommaso Cazzaniga y Benedetto Briosco, activos en los mismos años en la Certosa di Pavia.
Sobre la tumba están las figuras del Padre Eterno benedicente entre unos Angeli inginocchiati y una Madonna col bambino.
El arca está decorada con cinco bajorrelieves: la Annunciazione, la Natività, la Adorazione dei Magi, la Circoncisione y la Fuga in Egitto.
Una refinada decoración tardogótica cubre el arcón, dentro del cual se encuentran cinco nichos con cuatro santos a los lados y en el centro la Madonna col Bambino.
El grupo central está compuesto por la Madonna in trono col Bambino, que coloca su mano sobre la cabeza del difunto arrodillado en contemplación.
Sobre el sarcófago se encuentra el difunto yacente y un dosel coronado por un magnífico edículo con Dios Padre biendicente.
En la pared izquierda, un gran lienzo de Ambrogio da Figino que representa a Sant'Ambrogio sconfigge gli ariani y, debajo, el sarcófago funerario del siglo XIV de Protasio Caimi, atribuido a Bonino da Campione.
Retablo de Fiammenghino que representa la Madonna col Bambino, San Francesco e Santa Lucia.
En 1620 Daniele Crespi decoró la bóveda con San Paolo rapito in cielo y la escena de la Visitazione en la pared izquierda.
En la pared derecha hay un fresco del siglo XIV con Cristo che appare a San Domenico.
En la parte trasera de la basílica se encuentra la majestuosa capilla construida entre 1462 y 1468 a instancias del florentino Pigello Portinari, agente del Banco Mediceo de Milán, en honor a San Pietro Martire, un predicador dominico asesinado por un hereje en 1252.
En el altar se puede ver el retrato del comitente Pigello Portinari, arrodillado frente a San Pietro Martire.
La autoría de la obra está confirmada por la inscripción colocada en el sarcófago: "MAGISTER IOANNES BALDUCII DE PISIS SCULPSIT HANC ARCAM ANNO DOMINI MCCCXXXVIIII" ("El maestro Giovanni di Balduccio da Pisa esculpió esta arca en el año del Señor 1339").