Tras su muerte fue declarada hereje y sus discípulos, los guillelmitas, que la consideraban como la encarnación femenina del Espíritu Santo, fueron eliminados por la Inquisición, que destruyó su tumba de Chiaravalle y quemó su cuerpo en el siglo XIV.
Estaban firmemente convencidos de que su cuerpo ascendería a los cielos.
El resultado fue la disolución de esta comunidad a primeros del siglo XIV.
Le reprocharon haber dicho misa en nombre de Guglielma y escribir un nuevo evangelio.
Una corriente de estudio ve a Guglielma y sus seguidores como un movimiento feminista dentro del cristianismo.