La diócesis probablemente desapareció durante la conquista eslava de los Balcanes.
Sin embargo, el sucesor Pedro Cardona fue obligado a residir en la diócesis.
En el período siguiente, la mayor parte de la población se convirtió al islam.
A los católicos solo se les permitía ejercer su religión de forma limitada.
Incluso en los años siguientes, hasta 1622, la sucesión episcopal es a veces discontinua o incierta.
La residencia del obispo estaba en el pueblo de Giovagni o Gioagni (Gjoani).
En 1991 los católicos recuperaron la catedral de Shkodër, que había sido convertida en un polideportivo durante la dictadura comunista.
En abril de 1993 la diócesis fue visitada por el papa Juan Pablo II.
Se conservan imágenes y objetos sagrados que datan principalmente del siglo XX.