En Siracusa se levanta también la antigua catedral, la iglesia de San Juan alle catacombe.

[3]​ La diócesis fue sufragánea del Patriarcado de Roma, durante el periodo bizantino, hasta el siglo VII.

Luego de la controversia sobre las imágenes, Sicilia fue sustraída del emperador León III Isáurico y sometida al patriarcado de Constantinopla.

[3]​ En 878, Siracusa fue conquistada por los Árabes y el último arzobispo, Teodoro IV, fue deportado a Palermo.

No se sabe más nada sobre la presencia cristiana en el periodo islámico de la isla, durante los siglos IX y XI Siracusa fue conquistada por los Normandos en 1086 y restablecida como sede episcopal, pero no metropolitana, por Roger de Altavilla en 1093.

El primer obispo, de nombre Roger, fue consagrado por el papa Urbano II.

[3]​ El 27 de marzo de 1832, mediante bula Universalis Ecclesiae, del papa Gregorio XVI, Siracusa se convirtió en diócesis inmediatamente sujeta a la Santa Sede.