Completados sus estudios, colaboró veinte años (1722-1742) con Filippo Riceputi en Illyricum Sacrum, una obra que este último había concebido.

Aunque Riceputi había dejado un inmenso material en el Museo Ilírico, Farlati continuó su correspondencia con personas eminentes en la materia y emprendió nuevas investigaciones para completar la colección.

El quinto describe la iglesia de Zadar y sus sufragáneas; éste lo preparó Farlati, pero fue publicado por Giovanni Giacomo Coleti en 1775, quien añadió más tarde tres volúmenes más.

Respecto a los documentos, Farlati no tenía la posibilidad de comprobarlos todos; ni estaban la arqueología ni la crítica en su tiempo lo bastante avanzadas como para poder determinar con exactitud la autenticidad de sus fuentes.

El erudito tratado De artis criticae, publicado péstumamente, fue su respuesta a los críticos del Illyricum Sacrum.