La arquidiócesis tiene como sufragáneas a la arquidiócesis de Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo y a las diócesis de: Ceriñola-Ascoli Satriano, Lucera-Troia y San Severo.

Algunos autores han atribuido a la sede bovina los obispos de los siglos V y VII, Giovanni y Papinio, que la crítica histórica moderna sin embargo asigna a la diócesis de Vibona en Calabria.

El primer obispo históricamente atribuible a Bovino es Giovanni, mencionado en un diploma del arzobispo Landolfo de 971.

[1]​ A finales del siglo XII el obispo Roberto I mandó construir la iglesia en honor a san Marcos, obispo de Eca, patrono de la ciudad.

En el siglo XVI el obispo Ferdinando D'Anna (1541-1565) hizo renovar la catedral y, como teólogo del papa Pío IV, participó en el Concilio de Trento, en donde se distinguió por su contribución a la codificación de los decretos conciliares.

[3]​ El siglo XVIII estuvo marcado por el episcopado del franciscano Antonio Lucci (1729-1752), beatificado por el papa Juan Pablo II en 1989.

[4]​ En 1860 el obispo Giovanni Montuoro, acusado de haber incitado una revuelta popular, se vio obligado a huir y refugiarse en Roma hasta su muerte (1862).

Al mismo tiempo, terminó la unión in persona episcopi con la diócesis de Troia.

[11]​ En mayo de 1987 la arquidiócesis recibió la visita pastoral del papa Juan Pablo II.

[13]​ El santuario de San Mateo Apóstol en San Marco in Lamis alberga el museo de historia, liturgia y arte, inaugurado en 1979, y la rica biblioteca del antiguo monasterio.