Fue hijo de Rodrigo Yáñez y Elvira Ortiz.
Contrajo matrimonio con María Calleja, natural de Zafra, y tuvo con ella dos hijos llamados Rodrigo Yáñez y María Ortiz.
A partir de eso, quienes ejercieron el mando político y administrativo en la provincia de Yucatán serían denominados gobernadores.
En ellas participó destacadamente Francisco de Montejo (el mozo), hijo del Adelantado, homónimo, que había muerto en Salamanca, España, en 1553.
En 1562 fue nombrado gobernador de Comayagua (hoy Honduras),[3] cargo que ejerció hasta 1567.
La ciudad fue despoblada en 1567 debido a la resistencia de los indígenas.