Esta intensa vida profesional ocupó a Francisco de Ceynos hasta 1543, año en el que regresó con Licencia Real a España.

En 1564, a la muerte del virrey Luis de Velasco, la Audiencia asumió el gobierno provisional (1564-1566), cuya responsabilidad principal recayó en el licenciado Ceynos en su calidad de presidente.

Durante este mandato tuvo que solventar las derivaciones de la conjura del segundo marqués del Valle, Martín Cortés, descubierta en 1566.

Escribió el licenciado en 1565 una larga reflexión política dirigida a Felipe II, en la que se manifestaba en contra de la esclavitud y explotación de los indígenas.

[1]​ Una real cédula dispensaba en 1567 al licenciado de su empleo en la Audiencia.