Su padre, Aleksandr Grigoróvich, fue un rico hombre de negocios bielorruso y su madre era griega.
Pasó varios meses con su esposo en París, y allí acudió a la Académie de la Grande Chaumière en Montparnasse.
Desde 1908 hasta 1924, vivió intermitentemente en Kiev, San Petersburgo, Odesa, París, Roma y Moscú.
Allí trabajaron futuros artistas decorativos como Vadim Meller, Anatole Petritski y Pável Chélishchev.
En París, Ekster fue amiga personal de Pablo Picasso y Georges Braque, quienes le presentaron a Gertrude Stein.
En ese mismo año participó con los "rusos" Arjípenko, Nikolái Kulbín y Rózanova en la Exposición Futurista Internacional en Roma.
Bajo el paraguas de la vanguardia, Ekster destaca como pintora suprematista y constructivista así como una enorme influencia en el movimiento art déco.
En 1915–1916 trabajó en las cooperativas artesanas campesinas en los pueblos de Skoptsý y Vérbovka junto con Kazimir Malévich, Yevguenia Pribýlskaya, Natalia Davýdova, Nina Genke, Liubov Popova, Iván Puni, Olga Rózanova, Nadezhda Udaltsova y otros.
Más tarde, Ekster fundó un taller de enseñanza y producción (MDI) en Kiev (1918–1920).
Allí trabajaron Vadim Meller, Anatole Petrytski, Kliment Redko, Chélishchev, Nisson Shifrín, y Nikritin.
El manuscrito "Callimaque" (h. 1939, el texto era una traducción francesa de un himno del poeta helenístico Calímaco) es ampliamente considerada su obra maestra.