En la época colonial, fue conocida como "Bodegas de Babahoyo" por haber estado allí ubicadas la Aduana y los Almacenes Reales, para el control del comercio entre Guayaquil y las ciudades de la Sierra ecuatoriana.
La ciudad es el núcleo del área metropolitana de Babahoyo, la cual está constituida además por ciudades y parroquias rurales cercanas.
Es uno de los más importantes centros administrativos, económicos, financieros y comerciales del Ecuador.
Fue levantada en épocas muy remotas por los legendarios indios babahuyus, integrantes de la confederación Huancavilca, quienes en 1535 ofrecieron tenaz resistencia a los conquistadores españoles.
Babahoyo ha sido en la historia ecuatoriana una ciudad distinguida por hijos heroicos y trabajadores quienes no se han querido descargar golpes mortales a su tierra sea en incendios, inundaciones y sequías.
Su terreno es plano con pocas elevaciones o lomas sin mucha altura.
Una de las más interesantes excursiones en la zona es el descenso en bote por el río Babahoyo.
Está limitada: Al Norte: los cantones Baba, Puebloviejo y Urdaneta.
Existen cuatro puentes vehiculares: los dos primeros que cruzan los ríos Catarama y San Pablo al norte de la ciudad (carretera Babahoyo - Quito); el tercero que cruza el estero Lagarto al sur de la urbe (carretera Babahoyo - Guayaquil); y el cuarto que está ubicado en el sector La Ventura (carretera Babahoyo - Ambato).
El término "parroquia" es usado en el Ecuador para referirse a territorios dentro de la división administrativa municipal.
La ciudad y el cantón Babahoyo, al igual que las demás localidades ecuatorianas, se rige por una municipalidad según lo previsto en la Constitución de la República.
La Prefectura, algunas veces denominada como Gobierno Provincial, está dirigida por un ciudadano con título de Prefecto Provincial de Los Ríos y es elegido por sufragio directo en fórmula única junto al candidato viceprefecto.
El poder ejecutivo de la ciudad es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde del Cantón Babahoyo, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.
Actualmente el alcalde de Babahoyo es Gustavo Barquet Marún, elegido para el periodo 2023 - 2027.
[4] Babahoyo posee 9 concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.
El cantón se divide en parroquias que pueden ser urbanas o rurales y son representadas por las Juntas Parroquiales ante el Municipio de Babahoyo.
Es la oportunidad de exhibir su destreza y habilidad para montar o lazar un corcel chúcaro.
Gran parte de su población del cantón del mismo nombre, se encuentra en el casco urbano y las periferias de la ciudad que se encuentran alrededor del By Pass (Vía E25 carretera Babahoyo - Quito) que pasa por toda la ciudad de sur a noroeste.
También tenemos el servicio de Taxi y Taxis Ejecutivos como son: Compañía.
En las orillas del río, hay casas flotantes que llaman la atención de los visitantes.
En el margen derecho se encuentra la Casa de Olmedo donde el escritor escribió los versos del conocido Canto a Bolívar.
Además está en auge las preparaciones a base de soya, tanto en bebidas como leche, chicha y batidos de leche con frutas, así como comestibles, entre ellos las empanadas, etc. Algunos de sus pobladores se dedican a la orfebrería, a elaborar balaustre, hamacas, atarrayas, paños, arpones y otros artículos necesarios para la pesca como canoas.
La población en su gran mayoría se dedica al cultivo, principalmente de arroz, banano y cacao.
En Babahoyo se puede observar varias especies de animales, gracias al clima cálido o tórrido que goza la región.
El principal recinto deportivo para la práctica del fútbol es el Estadio Rafael Vera Yépez.
Desempeña un importante papel en el fútbol local, ya que los clubes babahoyenses como el Río Babahoyo, Independiente Fútbol Club y Venecia hacen de locales en este escenario deportivo.