Omicron (B.1.1.529) es una variante del SARS-CoV-2 notificada por primera vez a la Organización Mundial de la Salud (OMS) por la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica el 24 de noviembre de 2021. [10] [11] Fue la primera detectada en Botswana y se ha extendido hasta convertirse en la variante predominante en circulación en todo el mundo. [12] Después de la variante B.1.1.529 original, han surgido varias subvariantes de Omicron, entre ellas: BA.1 , BA.2 , BA.3 , BA.4 y BA.5 . [13] Desde octubre de 2022, han surgido dos subvariantes de BA.5 denominadas BQ.1 y BQ.1.1 .
Tres dosis de una vacuna COVID-19 brindan protección contra enfermedades graves y hospitalizaciones causadas por Omicron y sus subvariantes. [14] [15] [16] [17] Para las personas vacunadas con tres dosis, las variantes BA.4 y BA.5 son más infecciosas que las subvariantes anteriores, pero no hay evidencia de mayor enfermedad o gravedad. [13] [18] [19]
El nombre de la variante se ha confundido ocasionalmente con "Omnicron" entre algunos angloparlantes, debido a la falta de familiaridad con el alfabeto griego y la frecuencia relativa del prefijo latino "omni" en otros discursos comunes. [21] [22]
El proyecto GISAID le ha asignado el identificador de clado GR/484A, [23] y el proyecto Nextstrain le ha asignado los identificadores de clado 21K y 21L, ambos pertenecientes a un grupo Omicron más grande, 21M. [24]
Historia
Omicron se detectó por primera vez el 22 de noviembre de 2021 en laboratorios de Botswana y Sudáfrica basándose en muestras recolectadas del 11 al 16 de noviembre, [25] y las primeras muestras conocidas se recolectaron en Johannesburgo , Sudáfrica , el 8 de noviembre de 2021. [26] La primera conocida Los casos fuera de Sudáfrica fueron dos personas que viajaron el 11 de noviembre: uno que voló de Sudáfrica a Hong Kong vía Qatar , y otro que viajó de Egipto a Bélgica vía Turquía . [27] [28] El 26 de noviembre de 2021, la OMS designó B.1.1.529 como variante preocupante y la denominó "Omicron", en honor a la decimoquinta letra del alfabeto griego . [10] Al 6 de enero de 2022, la variante había sido confirmada en 149 países. [29]
Hipótesis de origen
Omicron no evolucionó a partir de ninguna otra variante, sino que divergió por un camino distinto, quizás a mediados de 2020. [29] [30] Se están examinando hipótesis contrapuestas.
Una hipótesis de origen es que varias mutaciones en la variante Omicron, que comprende una secuencia de 9 nucleótidos , pueden haber sido adquiridas de otro coronavirus (conocido como HCoV-229E ), responsable del resfriado común. [31] Esto no es del todo inesperado: a veces, los virus dentro del cuerpo adquieren e intercambian segmentos de material genético entre sí, y este es un medio común de mutación. [31]
Un vínculo con la infección por VIH puede explicar una gran cantidad de mutaciones en la secuencia de la variante Omicron. [32] De hecho, para verse afectado por un número tan elevado de mutaciones, el virus debe haber podido evolucionar durante mucho tiempo sin matar a su huésped, lo que puede ocurrir en personas con un sistema inmunológico debilitado que reciben suficiente atención médica para sobrevivir. [32] [33] Este es el caso de los pacientes con VIH en Sudáfrica, que representan aproximadamente el 14% de la población (a partir de 2017). [34] La prevención del VIH podría ser clave para reducir el riesgo de que el VIH no controlado impulse la aparición de variantes del SARS-CoV-2 . [32]
Una hipótesis para explicar las nuevas mutaciones es que el SARS-CoV-2 se transmitió de humanos a ratones y mutó en una población de ratones en algún momento entre mediados de 2020 y finales de 2021 antes de reinfectar a los humanos. [30]
El 1 de diciembre de 2022, un equipo de investigadores de la Charité (Berlín) publicó un estudio ahora retractado en Science (revista) que afirmaba que "los datos revelaron que ya existían ancestros Omicron genéticamente diversos en toda África en agosto de 2021". [35] Después de un nuevo análisis por dudas, [36] el equipo se retractó del artículo el 20 de diciembre de 2022 debido a la contaminación de las muestras. [37] [38]
Desparramar
El 24 de noviembre de 2021, se informó por primera vez a la OMS de la variante desde Sudáfrica basándose en muestras recolectadas del 14 al 16 de noviembre. [25] Los científicos sudafricanos fueron alertados por primera vez por muestras de principios de noviembre en las que las pruebas de PCR tenían fallas en el objetivo del gen S (ocurre en algunas variantes, pero no en Delta, que dominó el país en octubre) y por un aumento repentino de casos de COVID-19 en Gauteng; La secuenciación reveló que más del 70 por ciento de las muestras recolectadas en la provincia entre el 14 y el 23 de noviembre eran una nueva variante. [39]
Los primeros especímenes confirmados de Omicron se recolectaron el 8 de noviembre de 2021 en Sudáfrica y el 9 de noviembre en Botswana. [40] Probables muestras de Omicron (SGTF) se produjeron el 4 de noviembre de 2021 en Pretoria, Sudáfrica. [ cita necesaria ]
Cuando la OMS fue alertada el 24 de noviembre, Hong Kong era el único lugar fuera de África que había confirmado un caso de Omicron; una persona que viajó desde Sudáfrica el 11 de noviembre y otro viajero que sufrió una infección cruzada por este caso mientras se hospedaba en el mismo hotel de cuarentena. [27]
El 25 de noviembre, se identificó un caso confirmado en Israel de un viajero que regresaba de Malawi, [41] junto con dos que regresaron de Sudáfrica y uno de Madagascar. [42] Los cuatro casos iniciales notificados en Botswana ocurrieron entre personas completamente vacunadas. [43]
El 26 de noviembre, Bélgica confirmó su primer caso; una persona no vacunada que había viajado desde Egipto vía Turquía el 11 de noviembre. [28] Los tres casos iniciales confirmados y sospechosos notificados en Israel ocurrieron entre personas completamente vacunadas, [41] al igual que un solo caso sospechoso en Alemania. [44]
El 27 de noviembre se detectaron dos casos en el Reino Unido, otros dos en Munich , Alemania y uno en Milán , Italia. [45]
El 28 de noviembre se confirmaron 13 casos en los Países Bajos entre los 624 pasajeros de líneas aéreas que llegaron desde Sudáfrica el 26 de noviembre. [46] Posteriormente se confirmó la existencia de otros cinco casos entre estos pasajeros. [47] La entrada a los Países Bajos generalmente requería haber sido vacunado o sometido a una prueba de PCR, o estar recuperado. Los pasajeros de estos dos vuelos habían sido sometidos a pruebas a su llegada debido a las nuevas restricciones impuestas (que se establecieron durante su vuelo), después de lo cual 61 dieron positivo por SARS-CoV-2. [48] Otros dos casos fueron detectados en Australia. Ambas personas aterrizaron en Sydney el día anterior y viajaron desde el sur de África hasta el aeropuerto de Sydney a través del aeropuerto de Doha . Las dos personas, que estaban completamente vacunadas, entraron en aislamiento; Otros 12 viajeros del sur de África también entraron en cuarentena durante catorce días, mientras que a otros 260 pasajeros y tripulantes del vuelo se les ordenó aislarse. [49] Dos viajeros de Sudáfrica que aterrizaron en Dinamarca dieron positivo por COVID-19; El 28 de noviembre se confirmó que ambos portaban la variante Omicron. [50] [51] El mismo día, Austria también confirmó su primer caso de Omicron. [52] Se informó un caso de Omicron detectado en la República Checa, de un viajero que pasó un tiempo en Namibia. [53] Canadá también informó sus primeros casos de Omicron, dos de ellos de viajeros procedentes de Nigeria, convirtiéndose así en el primer país de América del Norte en informar un caso de Omicron. [54]
El 29 de noviembre se registró un caso positivo en Darwin , Australia. La persona llegó a Darwin en un vuelo de repatriación desde Johannesburgo, Sudáfrica, el 25 de noviembre, y fue llevada a un centro de cuarentena, donde se registró la prueba positiva. [55] Dos personas más que viajaron a Sydney desde el sur de África a través de Singapur dieron positivo. [56] Portugal informó de 13 casos de Omicron, todos ellos miembros de un club de fútbol. [57] Suecia también confirmó su primer caso el 29 de noviembre, [58] al igual que España, cuando un viajero vino de Sudáfrica. [59]
El 30 de noviembre, los Países Bajos informaron que se habían detectado casos de Omicron en dos muestras que databan del 19 de noviembre. [60] Se registró un caso positivo en Sydney de un viajero que había visitado el sur de África antes de que se impusieran las restricciones de viaje y posteriormente estuvo activo en la comunidad. [61] Japón también confirmó su primer caso. [62] Dos médicos israelíes dieron positivo y entraron en aislamiento. Ambos habían recibido tres inyecciones de la vacuna Pfizer antes de dar positivo. [63] En Brasil, se confirmaron tres casos de la variante Omicron en São Paulo . [64] Otros cinco están bajo sospecha. [65] [66] Una persona en Leipzig , Alemania, sin historial de viajes ni contacto con viajeros dio positivo para Omicron. [67]
El 1 de diciembre, se detectó la variante Omicron en tres muestras en Nigeria que habían sido recolectadas de viajeros procedentes de Sudáfrica durante la última semana. [68] [69] El mismo día, las autoridades de salud pública de los Estados Unidos anunciaron el primer caso confirmado de Omicron en el país. Un residente de San Francisco que había sido vacunado regresó de Sudáfrica el 22 de noviembre, comenzó a mostrar síntomas leves el 25 de noviembre [70] y se confirmó que tenía un caso leve de COVID-19 el 29 de noviembre. [71] Irlanda y Corea del Sur también informaron de sus primeros casos. [72] Corea del Sur informó sus casos de cinco viajeros que llegaron a Corea del Sur desde Nigeria. [73]
El 2 de diciembre, las autoridades sanitarias holandesas confirmaron que los 14 pasajeros con infección por Omicron confirmada el 26 de noviembre habían sido vacunados previamente. [74] El mismo día, el Instituto Noruego de Salud Pública confirmó que 50 asistentes a una fiesta de Navidad de una empresa celebrada en un restaurante en la capital de Noruega, Oslo , estaban infectados con la variante Omicron. [75] Francia ha confirmado sólo 25 casos de la nueva variante Omicron, pero los funcionarios dicen que el número podría aumentar significativamente en las próximas semanas. [76]
El 6 de diciembre, Malasia confirmó su primer caso de la variante. El caso fue el de un estudiante sudafricano que ingresaba a estudiar en una universidad privada. [77] En Namibia, se encontró que 18 casos de 19 muestras positivas de COVID-19 que se habían recolectado entre el 11 y el 26 de noviembre eran Omicron, lo que indica un alto nivel de prevalencia en el país. [78] Fiji también confirmó dos casos positivos de la variante. Viajaron desde Nigeria y llegaron a Fiji el 25 de noviembre [79].
El 9 de diciembre, Richard Mihigo, coordinador del Programa de Inmunización y Desarrollo de Vacunas para África de la Organización Mundial de la Salud, anunció que África representaba el 46% de los casos notificados de la variante Omicron a nivel mundial. [80]
El 13 de diciembre se informó en el Reino Unido de la primera muerte de una persona con Omicron. [81]
El 16 de diciembre, Nueva Zelanda confirmó su primer caso de la variante Omicron, un individuo que había viajado desde Alemania vía Dubai. [82]
La primera muerte de una persona con Omicron se informó en Alemania el 23 de diciembre [83] y en Australia el 27 de diciembre. [84]
En la Navidad de 2021, la cepa Omicron se volvió dominante en EE. UU. [85]
El 3 de enero de 2022, Corea del Sur informó de las dos primeras muertes de personas que dieron positivo post mortem para Omicron. [86]
En febrero de 2022, Omicron representaba el 98% de las secuencias genéticas disponibles públicamente en todo el mundo. [87]
El 29 de marzo de 2022, la subvariante BA.2 de Omicron superó a BA.1 y se convirtió en la cepa dominante en los EE. UU. [88] [89] [90]
En mayo de 2022, BA.2.12.1 se estaba propagando en EE. UU. y dos nuevas subvariantes de Omicron denominadas BA.4 y BA.5, detectadas por primera vez en enero de 2022, se extendieron en Sudáfrica. Las 3 subvariantes tienen mutaciones en la proteína de pico de L452 y eluden la inmunidad de una infección previa por BA1. [91]
El 16 de marzo de 2023, sin observar una reducción de la amenaza para la salud pública, la OMS dejó de clasificar a Omicron como variante preocupante para mantener esta clasificación solo para nuevas amenazas. En cambio, la OMS clasificó sus subvariantes como variantes de interés y bajo seguimiento. [87]
Reacciones
Productores de vacunas
El 26 de noviembre de 2021, BioNTech dijo que sabría en dos semanas si la vacuna actual es eficaz contra la variante y que podría enviarse una vacuna actualizada en 100 días si fuera necesario. AstraZeneca , Moderna y Johnson & Johnson también estaban estudiando el impacto de la variante en la eficacia de sus vacunas. [92] El mismo día, Novavax declaró que estaba desarrollando una vacuna actualizada que requería dos dosis para la variante Omicron, que la compañía esperaba que estuviera lista para ser probada y fabricada en unas pocas semanas. [93] [94] El 29 de noviembre de 2021, el Instituto Gamaleya dijo que el Sputnik Light debería ser eficaz contra la variante, que comenzaría a adaptar el Sputnik V y que una versión modificada podría estar lista para la producción en masa en 45 días. [95] Sinovac dijo que podría producir rápidamente en masa una vacuna inactivada contra la variante y que estaba monitoreando estudios y recolectando muestras de la variante para determinar si se necesita una nueva vacuna. [96]
El 7 de diciembre de 2021, en un simposio en Brasil con su socio Instituto Butantan , Sinovac dijo que actualizaría su vacuna a la nueva variante y la pondría a disposición en tres meses. [97] El 2 de diciembre, el Instituto Finlay ya estaba desarrollando una versión de Soberana Plus contra la variante. [98] Pfizer esperaba tener lista una vacuna dirigida a inmunizar contra Omicron para marzo de 2022. [99]
Organización Mundial de la Salud
El 26 de noviembre de 2021, la OMS pidió a las naciones que mejoraran los esfuerzos de vigilancia y secuenciación, enviaran secuencias genómicas completas y metadatos asociados a una base de datos disponible públicamente, como GISAID , informaran los casos/grupos iniciales asociados con la infección por virus de preocupación a la OMS a través del El mecanismo del RSI , cuando exista capacidad y en coordinación con la comunidad internacional, realizará investigaciones de campo y evaluaciones de laboratorio para mejorar la comprensión de los posibles impactos del virus en cuestión en la epidemiología, la gravedad y la eficacia de las medidas sociales y de salud pública de la COVID-19. métodos de diagnóstico, respuestas inmunes, neutralización de anticuerpos u otras características relevantes. [100]
El 26 de noviembre de 2021, la OMS aconsejó a los países que no impusieran nuevas restricciones a los viajes y, en cambio, recomendó un enfoque "científico y basado en el riesgo" para las medidas de viaje. [101] El mismo día, el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades (ECDC) informó que un modelo indicaba que las restricciones de viaje estrictas retrasarían dos semanas el impacto de la variante en los países europeos, lo que posiblemente permitiría a los países prepararse para ella. [102]
Al igual que con otras variantes, la OMS recomendó que las personas sigan manteniendo los espacios cerrados bien ventilados, eviten las aglomeraciones y el contacto cercano , usen mascarillas que se ajusten bien, se laven las manos con frecuencia y se vacunen. [103] [104] El 29 de noviembre de 2021, la OMS dijo que se esperaban casos e infecciones entre los vacunados, aunque en una proporción pequeña y predecible. [105]
Respuesta internacional
Tras el anuncio de la OMS, el mismo día, varios países anunciaron prohibiciones de viajar desde el sur de África en respuesta a la identificación de la variante, incluido Estados Unidos , que prohibió los viajes desde ocho países africanos, [106] aunque a partir del 30 de noviembre de 2021 En particular, no prohibió los viajes desde ningún país europeo, Israel, Canadá o Australia, donde también se detectaron casos en el momento en que se anunciaron las prohibiciones. Otros países que también implementaron prohibiciones de viaje incluyen Japón, Canadá, la Unión Europea, Israel, Australia, el Reino Unido, Singapur, Malasia, Indonesia, Marruecos y Nueva Zelanda. [107] [108]
El 26 de noviembre de 2021, la Agencia Reguladora de Salud de Brasil recomendó restricciones de vuelos con respecto a la nueva variante. [109] El estado de Nueva York declaró el estado de emergencia antes de un posible aumento de Omicron, aunque aún no se habían detectado casos en el estado ni en el resto de los Estados Unidos. [110] El 27 de noviembre de 2021, Suiza introdujo pruebas obligatorias y cuarentena para todos los visitantes que lleguen de países donde se detectó la variante, que originalmente incluían Bélgica e Israel. [111]
El 26 de noviembre de 2021, el Ministro de Salud de Sudáfrica, Joe Phaahla, defendió la gestión de la pandemia por parte de su país y afirmó que las prohibiciones de viaje iban en contra de las "normas y estándares" de la Organización Mundial de la Salud. [112]
Algunos especularon que las prohibiciones de viaje podrían tener un impacto significativo en la economía de Sudáfrica al limitar el turismo y podrían llevar a otros países con economías que dependen del turismo a ocultar el descubrimiento de nuevas variantes preocupantes. La baja cobertura de vacunas en los países menos desarrollados podría crear oportunidades para la aparición de nuevas variantes, y estos países también estaban luchando por obtener propiedad intelectual para desarrollar y producir vacunas localmente. [113] Al mismo tiempo, la inoculación se había desacelerado en Sudáfrica debido a las dudas y la apatía sobre las vacunas, con una tasa de vacunación a nivel nacional de solo el 35% al 24 de noviembre de 2021. [114]
El 29 de noviembre de 2021, la OMS advirtió a los países que la variante plantea un riesgo global muy alto con graves consecuencias y que debían prepararse acelerando la vacunación de los grupos prioritarios y fortaleciendo los sistemas de salud . El director general de la OMS, Tedros Adhanom, describió la situación mundial como peligrosa y precaria y pidió un nuevo acuerdo sobre el manejo de pandemias, ya que el sistema actual desincentiva a los países a alertar a otros sobre amenazas que inevitablemente aterrizarán en sus costas. El director ejecutivo de CEPI, Richard Hatchett, dijo que la variante cumplía las predicciones de que la transmisión del virus en áreas de baja vacunación aceleraría su evolución. [105]
En preparación para la llegada de la variante Omicron a Estados Unidos, el presidente Joe Biden afirmó que la variante es "motivo de preocupación, no de pánico", reiteró que el gobierno estaba preparado para la variante y la tendría bajo control y que los bloqueos a gran escala , similares a los de 2020 cerca del comienzo de la pandemia, estaban "fuera de la mesa por ahora". [115]
A mediados de diciembre de 2021, varias provincias canadienses restablecieron restricciones a reuniones y eventos como torneos deportivos, y reforzaron la aplicación de las órdenes de prueba de vacunación . Columbia Británica prohibió expresamente cualquier "evento organizado de Nochevieja" sin asientos, [116] [117] [118] mientras que Quebec anunció un cierre parcial el 20 de diciembre de 2021, ordenando el cierre de todos los bares, casinos, gimnasios, escuelas y teatros, además de imponer restricciones en el aforo y horario de funcionamiento de los restaurantes, y la prohibición de presencia de espectadores en eventos deportivos profesionales. [119]
El 18 de diciembre de 2021, el gobierno de los Países Bajos anunció un bloqueo destinado a evitar la propagación de la variante durante el período festivo. [120]
A finales de diciembre de 2021, algunos países acortaron el intervalo típico de seis meses para una dosis de refuerzo de la vacuna a fin de prepararse para una ola de Omicron, ya que dos dosis no son suficientes para detener la infección. Reino Unido, Corea del Sur y Tailandia se redujeron a tres meses; Bélgica, cuatro meses; Francia, Singapur, Taiwán, Italia y Australia, cinco meses. Finlandia lo redujo a tres meses para los grupos de riesgo. Otros países continuaron con un calendario de refuerzo de seis meses. Si bien los niveles de anticuerpos comienzan a disminuir a los cuatro meses, un intervalo más largo generalmente da tiempo para que madure la respuesta del sistema inmunológico. [121]
Reacciones del mercado
El 26 de noviembre de 2021, la preocupación por el posible impacto económico de la variante Omicron provocó una caída en los mercados mundiales, incluida la peor caída del Dow Jones Industrial Average en 2021, liderada por las acciones relacionadas con los viajes. El precio del crudo Brent y del petróleo West Texas Intermediate cayeron un 10% y un 11,7%, respectivamente [122]. Los mercados de criptomonedas también se vieron afectados. [123] [124] y el rand sudafricano también alcanzó un mínimo histórico para 2021, cotizándose a más de 16 rands por dólar , perdiendo el 6% de su valor en noviembre. [125] [126] [127]
A principios de diciembre de 2021, Jerome Powell , presidente de la Reserva Federal , testificó ante el Comité Bancario del Senado de EE. UU. que "el reciente aumento de los casos de COVID-19 y la aparición de la variante Omicron plantean riesgos a la baja para el empleo y la actividad económica y un mayor incertidumbre sobre la inflación". [128]
Biología
La secuencia genómica de la variante Omicron se muestra arriba.
Mutaciones
En junio de 2022, Omicron tenía alrededor de 50 mutaciones en relación con la variante Wuhan-Hu-1 o B, [129] [130], que es más que cualquier variante anterior del SARS-CoV-2 . Treinta y dos de ellos pertenecían a la proteína de pico, a la que se dirigen la mayoría de las vacunas para neutralizar el virus. [131] En diciembre de 2021, muchas mutaciones eran nuevas y no se encontraban en variantes anteriores. [40] En abril de 2022, la variante se caracterizaba por 30 cambios de aminoácidos , tres pequeñas eliminaciones y una pequeña inserción en la proteína de pico en comparación con el virus original, de los cuales 15 están ubicados en el dominio de unión al receptor (residuos 319– 541). [132] En diciembre de 2022, el virus presentaba una serie de cambios y eliminaciones en otras regiones genómicas. Por ejemplo, tres mutaciones en el sitio de escisión de la furina , lo que facilita su transmisión. [133] [134]
Comparación de la prevalencia de mutaciones para los genes ORF1a, ORF1b y S de los linajes Omicron que se denominan variantes de interés. Las mutaciones características de un linaje se definen como sustituciones o eliminaciones no sinónimas que ocurren en > 75% de las secuencias dentro de ese linaje. [136]
Subvariantes
Se han descubierto varias subvariantes de Omicron y siguen surgiendo otras nuevas. [12] Hay 310 linajes de Pango [ se necesita aclaración ] actualmente asociados con la variante Omicron. [137] El sublinaje 'estándar' ahora se conoce como BA.1 (o B.1.1.529.1), y los otros dos sublinajes se conocen como BA.2 (o B.1.1.529.2) y BA.3 (o B.1.1.529.3). [138] A mediados de 2022, se detectaron BA.4 (o B.1.1.529.4) y BA.5 (o B.1.1.529.5) en varios países. [139] Comparten muchas mutaciones, pero también difieren significativamente. En general, BA.1 y BA.2 comparten 32 mutaciones, pero difieren en 28. [140] BA.1 se ha dividido en dos, los BA.1 y BA.1.1 originales (o B.1.1.529.1.1 ) donde la principal diferencia es que este último presenta una mutación R346K. [141]
La PCR estándar y las pruebas rápidas continúan detectando todas las subvariantes de Omicron como COVID-19, pero se necesitan más pruebas para distinguir las subvariantes entre sí y de otras variantes de COVID-19. [142]
BA.2
BA.2 se detectó por primera vez en una muestra del 15 de noviembre de 2021. [144] Una preimpresión publicada en febrero de 2022 (publicada en mayo) sugirió que BA.2 era más transmisible que BA.1 y puede causar una enfermedad más grave. [145] Esto fue refutado posteriormente por un estudio de finales de octubre de 2022, que encontró que BA.2 en realidad causaba una enfermedad menos grave en relación con BA.1 (que a su vez, causaba una enfermedad menos grave en comparación con la variante delta). [146] Los anticuerpos monoclonales terapéuticos utilizados para tratar a personas infectadas con COVID-19 no tuvieron mucho efecto en BA.2, que era "casi completamente resistente" a casirivimab e imdevimab, y 35 veces más resistente a sotrovimab que la subvariante BA.1. . [ cita necesaria ]
Desparramar
Hasta el 17 de enero de 2022, se había detectado BA.2 en al menos 40 países y en todos los continentes excepto la Antártida. [147] Al 31 de enero, se había detectado en al menos 57 países. [148] En muestras globales recolectadas del 4 de febrero al 5 de marzo y cargadas en GISAID , BA.2 representó c. 34%, frente al 41% de BA.1.1, el 25% de BA.1 y menos del 1% de BA.3. [149] En una revisión realizada dos semanas después, que abarcó del 16 de febrero al 17 de marzo, BA.2 se había convertido en el más frecuente. [150] [151] Según las cargas de GISAID, BA.1 alcanzó su punto máximo a principios de enero de 2022, después de lo cual fue superado tanto por BA.1.1 como por BA.2. [152] En América del Norte, partes de Europa y partes de Asia, BA.1 fue superado por primera vez por BA.1.1. Por ejemplo, en Estados Unidos, Francia y Japón, BA.1.1 se convirtió en la subvariante dominante en enero de 2022. [153] [154] [155]
A finales de diciembre de 2021/principios de enero de 2022, BA.2 se había vuelto dominante en partes de la India (ya representaba casi el 80 por ciento en Calcuta a finales de diciembre de 2021 [156] ) y Filipinas, y se había vuelto frecuente en Escandinavia, Sudáfrica y Singapur. , y estaba mostrando signos de crecimiento en Alemania y el Reino Unido. [157] [158] [159] [160] En Japón, que aplica cuarentena y controles detallados a todos los viajeros internacionales, al 24 de enero, la gran mayoría de BA.2 se había detectado en personas que habían llegado de la India o el Filipinas con casos que se remontaban al menos al 1 de diciembre de 2021 (se detectaron muchas menos BA.1 u otras variantes entre las llegadas de los dos países en ese período), pero también se habían detectado pequeñas cantidades en personas que llegaban de otros países. [161] [162] [163]
En Dinamarca, el primer BA.2 estaba en una muestra recopilada el 5 de diciembre de 2021. [164] En la semana cincuenta (13 a 19 de diciembre) había comenzado a aumentar, con BA.2 en alrededor del 2 por ciento de los casos secuenciados en comparación con 46 por ciento BA.1 (Delta restante). La frecuencia de ambas subvariantes de Omicron siguió aumentando durante la última quincena de diciembre; y a finales de año BA.2 había alcanzado el 20 por ciento y BA.1 alcanzó un máximo del 72 por ciento. En enero de 2022, BA.1 comenzó a disminuir, mientras que BA.2 continuó aumentando. Para la segunda semana de 2022, la frecuencia de los dos era casi igual, ambos cerca del 50 por ciento. [164] En la semana siguiente, BA.2 se volvió claramente dominante en Dinamarca con el 65 por ciento de los casos nuevos. [165] Las tendencias de los demás países escandinavos, la India, Sudáfrica y el Reino Unido también mostraron que BA.2 estaba aumentando en proporción a BA.1. [166] [167] A principios de febrero de 2022, se había convertido en la subvariante dominante en Sudáfrica, a finales de febrero se había vuelto dominante en Alemania y a principios de marzo se había vuelto dominante en el Reino Unido. [168] [169] [170] A principios de marzo, BA.1.1 todavía era muy dominante en los Estados Unidos (habiendo superado a BA.1 en enero), pero BA.2 estaba aumentando en frecuencia y luego se volvió dominante en los EE. UU. 29 de marzo. [153] [171]
XE
En enero de 2022 se aisló en el Reino Unido un nuevo recombinante BA.1-BA.2, denominado recombinante "XE". La OMS descubrió que era potencialmente un 10% más transmisible que BA.2, lo que la hace entre un 43% y un 76% más transmisible que BA.1, y convierte a la XE recombinante en la variante más contagiosa identificada en ese momento. [172]
BA.2.12
Se detectaron dos nuevas subvariantes BA.2 en el estado estadounidense de Nueva York , que son BA.2.12 (o B.1.1.529.2.12) y BA.2.12.1 (o B.1.1.529.2.12.1), ambas de los cuales tienen una ventaja de crecimiento significativa del 23% al 27% sobre BA.2 y contribuyen a un aumento de las infecciones en el centro de Nueva York, centrado en Syracuse y el lago Ontario , que luego se volvió dominante el 24 de mayo de 2022, en los EE. UU. [173]
BA.2.75 y BA.2.75.2
La subvariante BA.2.75 (o B.1.1.529.2.75, apodada Centaurus por los medios [174] ), detectada por primera vez en la India en mayo de 2022, fue clasificada como variante bajo seguimiento por la OMS. [175] Mutaciones más nuevas en esta línea (como BA.2.75.2, también conocida como B.1.1.529.2.75.2 o Chiron ) pueden ser capaces de escapar de los anticuerpos neutralizantes. [176]
XBB y XBB.1
XBB, un recombinante de los sublinajes BA.2.10.1.1 y BA.2.75.3.1.1.1, [177] es una subvariante de Omicron detectada por primera vez en agosto de 2022. [178]
El 20 de octubre de 2022, el científico jefe de la Organización Mundial de la Salud (OMS), Soumya Swaminathan, advirtió que la subvariante XBB de Omicron puede causar infecciones en algunos países, mientras que aún no se conoce la gravedad de las nuevas variantes. [179]
El 9 de enero de 2023, los CDC europeos dijeron que había pruebas sugerentes de que la variante XBB.1.5 tenía una ventaja de crecimiento; Después de volverse dominante en Estados Unidos, podría volverse dominante en Europa en los próximos meses. [180] A partir de evidencia preliminar, habían evaluado que las variantes de XBB no tenían ningún efecto sobre la gravedad y la transmisibilidad de la enfermedad. [181]
A principios de marzo de 2023, XBB.1.16 apareció por primera vez en la India y provocó un aumento de hospitalizaciones. [182] Fue apodado Arcturus por T. Ryan Gregory . [182] [183] [184]
EG.5 y EG.5.1
EG.5 (o XBB.1.9.2.5), apodado por algunos medios "Eris", [185] es descendiente de XBB.1.9.2. El linaje se detectó ya en febrero de 2023. [186] El 6 de agosto, la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido informó que la cepa EG.5 fue responsable de uno de cada siete casos nuevos en el Reino Unido durante la tercera semana de julio. [187] La OMS la identificó como una "variante de interés" el 9 de agosto de 2023. Su diferencia clave con otras cepas es una "mutación del aminoácido F456L". [188]
HV.1
HV.1 (o XBB.1.9.2.5.1.6.1) es un sublinaje de XBB.1.9.2, de la familia Omicron detectado por primera vez en julio de 2023.
HV.1 superó a EG.5 como subvariante dominante en los EE. UU. en octubre de 2023. [189] En octubre, los expertos declararon que no había evidencia de que HV.1 fuera más grave o transmisible que otras subvariantes de Omicron. [190]
BA.2.86
A mediados de agosto de 2023, los CDC y la OMS anunciaron que estaban monitoreando otra subvariante de Omicron, BA.2.86, un descendiente de la subvariante BA.2. La OMS ha colocado a BA.2.86 como VUM (variante bajo seguimiento), ya que se informa que tiene más de 30 mutaciones. [191] Hasta el 18 de agosto, se habían notificado casos en cuatro países: tres en Dinamarca y uno en Israel, el Reino Unido y los Estados Unidos. En la misma fecha, las autoridades sanitarias del Reino Unido señalaron que su aparición casi simultánea en varios países que aún operaban una vigilancia genómica detallada indicaba que probablemente ya se estaba propagando más ampliamente a nivel internacional. [192] El primer caso de BA.2.86 se detectó el 24 de julio de 2023 según la OMS.
BA.3
El tercer sublinaje de Omicron, BA.3, es muy raro. Tiene la misma eliminación (Δ69-70) de falla del objetivo del gen S (SGTF) que BA.1. [ cita necesaria ]
BA.4 y BA.5
En abril de 2022, la OMS anunció que estaba rastreando las subvariantes BA.4 y BA.5, habiéndose detectado BA.4 en Sudáfrica, Botswana, Dinamarca, Escocia e Inglaterra. [193] Los primeros indicios de los datos recopilados en Sudáfrica sugirieron que BA.4 y BA.5 tienen una ventaja de crecimiento significativa sobre BA.2, que el 12 de mayo obtuvo el estatus de Variante de preocupación por parte del Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades, y , antes del 20 de mayo, por la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido . [194] [195] [196] [197] BA.5 dominaba en Portugal el 25 de mayo y representaba dos tercios de todos los casos nuevos allí. [198] El 24 de junio, BA.4 y BA.5 juntas se habían convertido en variantes dominantes en el Reino Unido y Alemania. [199] [200] [201] [202] Estas dos subvariantes se volvieron dominantes en los Estados Unidos el 28 de junio. [203] [204] A finales de junio, BA.5 se convirtió en la subvariante dominante en Francia , con el 59% de los casos nuevos vinculados a ella. [205] [206]
El 10 de mayo de 2022, se informó en California de un caso de una nueva subvariante BA.5.2.1. [207] El 10 de julio, la ciudad de Shanghai informó su primer caso de BA.5.2.1, en un hombre que había volado desde Uganda, lo que provocó una nueva ola de pruebas. [208] El 22 de julio, la provincia de Ontario, Canadá, anunció que la subvariante BA.5.2.1 superó a BA.2.12.1 como la principal variante en circulación en Ontario alrededor del 2 de julio. [209] Regeneron informa que BA.5.2.1 es la variante principal en Australia, Bélgica, Brunei, Grecia e Islandia. [210] El gobierno de Canadá también informó a finales de junio y julio que, de los viajeros que llegaron por vía aérea y dieron positivo en la prueba de COVID-19, una proporción sustancial eran BA.5.2.1. [211] BF.7 es una versión abreviada del nombre completo de las subvariantes, que es BA.5.2.1.7. Esta subvariante es parte de la variante BA.5 de Omicron, que tuvo el mayor número de casos reportados a nivel mundial, representando el 76,2% de todos los casos. [212]
BQ.1 y BQ.1.1
En octubre de 2022 se encontraron dos subvariantes BA.5: BQ.1 (o B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1) y BQ.1.1 (o B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.1). [213] [214] [215] Las variantes eran originalmente más prevalentes en Francia. [216] Al 17 de noviembre, el 93% de las secuencias en Francia eran el sublinaje BA.5 de Omicron y entre los sublinajes BA.5, BQ.1.1 continuó aumentando (32% frente al 25% en la semana anterior). [217] En noviembre de 2022, en los EE. UU. se informó que las variantes representaban el 44% de las nuevas infecciones. Las primeras pruebas de laboratorio encontraron que estas subvariantes eran mejores para escapar de las primeras vacunas y de refuerzo que las variantes anteriores. [218]
En enero de 2022, William Schaffner , profesor de enfermedades infecciosas en el Centro Médico de la Universidad de Vanderbilt, comparó la contagiosidad de la variante Omicron con la del sarampión . [219]
El 15 de diciembre de 2021, Jenny Harries, directora de la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido, dijo a un comité parlamentario que el tiempo de duplicación de la COVID-19 en la mayoría de las regiones del Reino Unido era ahora de menos de dos días, a pesar de la alta tasa de vacunación del país. Dijo que la variante Omicron de COVID-19 es "probablemente la amenaza más importante desde el inicio de la pandemia", y que el número de casos en los próximos días sería "bastante asombroso en comparación con la tasa de crecimiento que estamos teniendo". "Se ha visto en casos de variantes anteriores". [220]
Un estudio de 2021 sugirió que las mutaciones que promueven infecciones irruptivas o resistencia a los anticuerpos "como las de Omicron" podrían ser un nuevo mecanismo para el éxito de la evolución viral del SARS-CoV-2 y que podría convertirse en un mecanismo dominante de su evolución. [221] Una preimpresión respalda tal explicación de la propagación de Omicron, sugiriendo que "principalmente puede atribuirse a la evasión inmune más que a un aumento inherente en la transmisibilidad básica ". [222] [223] Los estudios demostraron que la variante escapa a la mayoría de los anticuerpos neutralizantes del SARS-CoV-2 existentes, incluidos los de sueros de personas vacunadas y convalecientes. [224] [225] [226] [227] Sin embargo, se esperaba que las vacunas existentes protegieran contra enfermedades graves, hospitalizaciones y muertes debido a Omicron [228] y, a nivel individual, la variante Omicron es más leve que las variantes anteriores que evolucionó cuando la proporción de anticuerpos/vacunas era menor que cuando surgió Omicron. [229]
A diferencia de otras variantes investigadas, Omicron mostró una evasión sustancial, a nivel poblacional, de la inmunidad de una infección previa, así como una mayor capacidad para evadir la inmunidad inducida por las vacunas. [230]
Investigaciones posteriores encontraron que la propagación de Omicron probablemente contribuyó a una inmunidad natural significativa a la reinfección. [231]
Aunque la transmisión a través de fómites es rara, los datos preliminares indican que la variante dura 194 horas en superficies plásticas y 21 horas en la piel, en comparación con sólo 56 y 7 horas, respectivamente, para la cepa original. [233] [234]
Efectividad de la vacuna
Las vacunas de ARNm de Pfizer-BioNTech (BNT162b2) y Moderna (mRNA-1273) brindan una protección reducida contra enfermedades asintomáticas, pero reducen el riesgo de enfermedades graves. [235] [236] [237] El 22 de diciembre de 2021, el Equipo de Respuesta COVID-19 del Imperial College informó sobre una41% ( IC 95% ,37 –45% ) menor riesgo de una hospitalización que requiera una estadía de al menos 1 noche en comparación con la variante Delta, y que los datos sugerían que los receptores de 2 dosis de la vacuna Pfizer-BioNTech , Moderna u Oxford-AstraZeneca estaban sustancialmente protegidos contra hospitalización. [238] En enero de 2022, los resultados de Israel sugirieron que una cuarta dosis es solo parcialmente efectiva contra Omicron. Se produjeron muchos casos de infección, aunque "un poco menos que en el grupo de control", a pesar de que los participantes del ensayo tenían niveles de anticuerpos más altos después de la cuarta dosis. [239] El 23 de diciembre de 2021, Nature indica que, aunque Omicron probablemente debilita la protección de la vacuna, se puede mantener una eficacia razonable contra Omicron con los enfoques de vacunación y refuerzo disponibles actualmente. [240] [241]
En diciembre, estudios, algunos de los cuales utilizaron grandes conjuntos de datos nacionales de Israel y Dinamarca, encontraron que la eficacia de múltiples vacunas comunes de dos dosis contra el COVID-19 es sustancialmente menor contra la variante Omicron que para otras variantes comunes, incluida la variante Delta , y que una nueva dosis (a menudo una tercera) –una dosis de refuerzo– es necesaria y eficaz, ya que reduce sustancialmente las muertes por la enfermedad en comparación con cohortes que no recibieron ningún refuerzo sino dos dosis. [242] [243] [244] [245] [246] [247]
Se siguen recomendando vacunas para Omicron y sus subvariantes. El profesor Paul Morgan, inmunólogo de la Universidad de Cardiff, dijo: " Creo que el resultado más probable es un embotamiento, en lugar de una pérdida completa [de inmunidad]. El virus no puede perder todos y cada uno de los epítopos de su superficie, porque si lo hiciera, La proteína ya no podría funcionar más. Entonces, si bien algunos de los anticuerpos y clones de células T fabricados contra versiones anteriores del virus, o contra las vacunas, pueden no ser efectivos, habrá otros que seguirán siendo efectivos (... ) Si la mitad, o dos tercios, o lo que sea, de la respuesta inmune no va a ser efectiva, y te quedas con la mitad residual, entonces cuanto más potenciada sea, mejor ". [248] El profesor Francois Balloux del Instituto de Genética del University College de Londres dijo: " Por lo que hemos aprendido hasta ahora, podemos estar bastante seguros de que, en comparación con otras variantes, Omicron tiende a ser más capaz de reinfectar a personas que han sido previamente infectadas". "Se infectó y recibió cierta protección contra el COVID-19. Esto está bastante claro y se anticipó a partir de los cambios mutacionales que hemos identificado en su estructura proteica, que hacen que sea más difícil para los anticuerpos neutralizar el virus ". [249]
BA.1 y BA.2
Un estudio de enero de 2022 realizado por la Agencia de Seguridad Sanitaria del Reino Unido encontró que las vacunas ofrecían niveles similares de protección contra la enfermedad sintomática según BA.1 y BA.2, y en ambas era considerablemente mayor después de dos dosis y un refuerzo que dos dosis sin refuerzo . 250] [251] aunque debido al efecto cada vez menor de las vacunas, es posible que más adelante sea necesaria una mayor vacunación de refuerzo. [170]
BA.4 y BA.5
En mayo de 2022, una preimpresión indicó que las subvariantes BA.4 y BA.5 de Omicron podrían causar una gran proporción de reinfecciones por COVID-19 , más allá del aumento de reinfecciones causadas por el linaje Omicron, incluso para personas que fueron infectadas por Omicron BA.1 debido a aumentos en la evasión inmune, especialmente entre los no vacunados. Sin embargo, el escape observado de BA.4 y BA.5 de la inmunidad por una infección BA.1 es más moderado que el de BA.1 frente a casos de inmunidad estudiados anteriormente (como la inmunidad de vacunas específicas). [252] [253]
Se descubrió que la inmunidad de una infección por Omicron para personas no vacunadas y no infectadas previamente era débil "contra variantes que no son de Omicron", [254] aunque en ese momento Omicron es, por un amplio margen, la variante dominante en casos humanos secuenciados. [255]
BQ.1 y BQ.1.1
A finales de 2022 se descubrió que las subvariantes BQ.1 y BQ.1.1 eran mejores para escapar de las primeras vacunas y de refuerzo que las variantes anteriores, y habían reducido aún más la eficacia de los tratamientos con anticuerpos monoclonales. [256]
Ajustes de vacunas
En junio de 2022, Pfizer y Moderna desarrollaron vacunas bivalentes para proteger contra el tipo salvaje del SARS-CoV-2 y la variante Omicron. Las vacunas bivalentes son bien toleradas y ofrecen a Omicron una inmunidad superior a las vacunas de ARNm anteriores. [257] En septiembre de 2022, la Administración de Medicamentos y Alimentos de los Estados Unidos (FDA) autorizó el uso de vacunas bivalentes en los Estados Unidos. [258] [259] [260]
En junio de 2023, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2023-2024 de las vacunas contra la COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para que fuera una vacuna monovalente contra la COVID-19 que utilizara el linaje XBB.1.5 de la variante Omicron. [261] [262] En junio de 2024, la FDA recomendó a los fabricantes que la formulación 2024-2025 de las vacunas COVID-19 para su uso en los EE. UU. se actualizara para ser una vacuna COVID-19 monovalente que utilice el linaje JN.1. [263]
Signos y síntomas
La pérdida del gusto y del olfato parece ser poco común en comparación con otras cepas. [5] [6] Un síntoma único reportado de la variante Omicron son los sudores nocturnos , [7] [264] particularmente con la subvariante BA.5. [265] [266] Un estudio realizado entre el 1 y el 7 de diciembre de 2021 por el Centro para el Control de Enfermedades encontró que: "Los síntomas reportados con más frecuencia [fueron] tos, fatiga y congestión o secreción nasal", lo que dificulta distinguirlo de un variante menos dañina u otro virus. [267] Una investigación publicada en Londres el 25 de diciembre de 2021 sugirió que los síntomas más frecuentes declarados por los usuarios de la aplicación Zoe Covid eran "secreción nasal, dolores de cabeza, fatiga, estornudos y dolor de garganta". [4]
Un estudio observacional de casos y controles británico de Omicron hasta marzo de 2022 mostró una reducción en las probabilidades de COVID prolongado con la variante Omicron versus la variante Delta de 0,24 a 0,5 dependiendo de la edad y el tiempo transcurrido desde la vacunación. [268]
Virulencia
A partir del 6 de enero de 2022, Omicron se multiplicó alrededor de 70 veces más rápido que la variante Delta en los bronquios ( vías respiratorias pulmonares ), pero la evidencia sugirió que es menos grave que las variantes anteriores, especialmente en comparación con Delta, [269] [229] ya que podría ser menos capaz de penetrar el tejido pulmonar profundo. [270] En enero de 2022, en el sur de California las infecciones fueron un 91 por ciento menos mortales que la variante delta, con un 51 por ciento menos de riesgo de hospitalización. [271] Sin embargo, la diferencia estimada en el riesgo intrínseco de hospitalización en Inglaterra disminuyó en gran medida a 0-30 por ciento, cuando se excluyeron las reinfecciones. [272]
Al 21 de enero de 2022, el riesgo de hospitalización era el mismo en BA.1 y BA.2 según revisiones de Dinamarca, India, Sudáfrica y el Reino Unido. [273] [149] [165] [274] Los estudios noruegos demostraron que la cantidad de virus en las vías respiratorias superiores era similar en aquellos infectados con BA.1 y BA.2. [167]
Diagnóstico
En noviembre de 2021, la posibilidad de detectar un caso de Omicron dependía particularmente de la tasa de secuenciación de un país: Sudáfrica secuenciaba muchas más muestras que cualquier otro país de África, pero a una tasa considerablemente menor que la mayoría de las naciones occidentales. [275] [276] La secuenciación del virus a partir de una muestra puede llevar semanas, lo que limita la disponibilidad temprana de datos. [277]
En enero de 2022, la agencia reguladora de medicamentos y terapéuticas Therapeutic Goods Administration (TGA) del gobierno australiano solo había probado una de sus 23 pruebas rápidas de antígenos (RAT) de COVID-19 aprobadas para verificar que detectaba Omicron. [278] Posteriormente, la TGA actualizó su lista aprobada para mostrar que todas las RAT que detectaron otras variantes podían detectar infecciones por Omicron. [279] En junio de 2022, el Instituto Paul-Ehrlich federal alemán publicó sus hallazgos de que la mayoría de las RAT detectaron la variante Omicron. [280]
pruebas de PCR
En diciembre de 2021, la FDA de EE. UU. publicó directrices sobre cómo Omicron afectaría las pruebas de PCR . [281] Las pruebas que detectan múltiples objetivos genéticos debían continuar identificando al examinado como positivo para COVID-19. La abandono del gen S o el fallo del objetivo se propuso como una forma abreviada de diferenciar Omicron de Delta. además de secuenciación y genotipado. [282]
A diciembre de 2021, Dinamarca y Noruega han considerado los casos encontrados mediante su variante de prueba qPCR, que es relativamente rápida y verifica varios genes, [283] como suficientes para contarlos como Omicron, antes de la secuenciación completa. [284] [285]
Diferencias BA.1 y BA.2
Al 7 de diciembre de 2021, se sabía que BA.2, a diferencia de BA.1, carece de la característica falla del objetivo del gen S (SGTF) que causa la eliminación (Δ69-70), mediante la cual muchas pruebas de qPCR han podido detectar rápidamente un caso. como una variante Omicron (o Alfa), de la variante Delta previamente dominante. [286] [287] Por lo tanto, los países que dependen principalmente del SGTF para la detección pueden pasar por alto BA.2, [286] y las autoridades británicas consideran que el SGTF por sí solo es insuficiente para monitorear la propagación de Omicron. [273] Esto ha dado lugar a que se le haya apodado 'Stealth Omicron', [273] pero debido a que BA.2 todavía se puede separar de otras variantes mediante la secuenciación completa normal o comprobaciones de ciertas otras mutaciones, el apodo no es del todo exacto. [140] [288] A partir de enero de 2022, algunos países, como Dinamarca y Japón, han estado utilizando una variante qPCR que prueba varias mutaciones, incluida L452R . [283] [161] También puede distinguir Delta, que tiene L452R, [289] y todas las subvariantes de Omicron, que no tienen L452R. [290] [147] A medida que Omicron se volvió dominante y la variante Delta se volvió rara a principios de 2022, se descubrió que la mutación SGTF que había hecho que Delta y BA.2 fueran similares en las pruebas qPCR era útil para separar BA.1 y BA.2 de entre sí. [291]
En relación con los tratamientos con anticuerpos monoclonales (mAb), se están realizando pruebas e investigaciones similares. Los datos preclínicos sobre virus pseudotipados in vitro demuestran que algunos mAb diseñados para utilizar epítopos altamente conservados conservan actividad neutralizante contra mutaciones clave de sustituciones de Omicron. [294]
Resultados similares se confirman mediante microscopía crioelectrónica y datos de rayos X, lo que también proporciona el enfoque estructural y la base molecular para la evasión de la inmunidad humoral exhibida por el cambio antigénico de Omicron, así como la importancia de apuntar a epítopos conservados para vacunas y terapias. diseño. Mientras que 7 mAb clínicos o cócteles de mAb experimentaron una pérdida de actividad neutralizante de 1 a 2 órdenes de magnitud o mayor en relación con el virus prototípico, el mAb S309, el mAb original de sotrovimab , neutralizó a Omicron con una potencia reducida de solo 2 a 3 veces. [295]
En diciembre de 2021, la mayoría de los anticuerpos monoclonales habían perdido su actividad neutralizante in vitro contra Omicron, y solo 3 de 29 mAb examinados en otro estudio conservaban su potencia inalterada. Además, una fracción de mAb de sarbecovirus ampliamente neutralizantes neutralizó a Omicron mediante el reconocimiento de sitios antigénicos fuera del RBM, incluidos sotrovimab (VIR-7831), S2X259 y S2H97. [296] Sin embargo, sotrovimab no fue completamente activo contra el sublinaje BA.2 Omicron, y en marzo de 2022 la oficina de la ASPR de EE. UU. dejó de distribuir el tratamiento con anticuerpos a los estados donde BA.2 era dominante. [297]
Los datos de febrero de 2022 sugirieron que Omicron causó una evasión inmune humoral significativa, mientras que los anticuerpos neutralizantes dirigidos a la región conservada del sarbecovirus siguieron siendo los más efectivos. [298]
Epidemiología
El 26 de noviembre de 2021, el Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles de Sudáfrica anunció que 30.904 pruebas de COVID-19 (en un día) detectaron 2.828 nuevas infecciones por COVID-19 (una tasa de positividad del 9,2%). [299]
Una semana después, el 3 de diciembre de 2021, el NICD anunció que 65.990 pruebas de COVID-19 habían encontrado 16.055 nuevas infecciones (5,7 veces más que siete días antes; tasa positiva del 24,3%) y que el 72 por ciento de ellas se encontraron en Gauteng . [300] [301]
Esta provincia de Sudáfrica está densamente poblada con aproximadamente 850 habitantes por km 2 . Johannesburgo, la capital de Gauteng, es una megaciudad (alrededor de 5,5 millones de habitantes en la ciudad misma más 9,5 millones en la región urbana). [ cita necesaria ]
En noviembre de 2021, la transmisibilidad de la variante Omicron, en comparación con la variante Delta u otras variantes del virus COVID-19, aún era incierta. [292] Omicron frecuentemente puede infectar a personas previamente positivas a COVID-19. [302] [303]
Se ha estimado que la variante Omicron divergió a finales de septiembre o principios de octubre de 2021, según comparaciones del genoma de Omicron. [304]
Los datos de secuenciación sugieren que Omicron se había convertido en la variante dominante en Sudáfrica en noviembre de 2021, el mismo mes en el que se identificó por primera vez en el país. [305] [306]
La filogenia sugiere una aparición reciente. Los datos de Sudáfrica sugieren que Omicron tiene una ventaja de crecimiento pronunciada allí. Sin embargo, esto puede deberse a la transmisibilidad o al escape inmunológico, o a ambos." [307] Además, el intervalo serial juega un papel en el crecimiento.
Se observaron cambios detectables en los niveles de COVID-19 en muestras de aguas residuales de la provincia de Gauteng en Sudáfrica entre el 17 y el 23 de octubre (semana 42). [308] El Instituto Nacional de Enfermedades Transmisibles informa que los niños menores de 2 años representan el 10% del total de admisiones hospitalarias en el punto de descubrimiento de Omicron, Tshwane , en Sudáfrica. [309] Los datos sobre la falla del objetivo del gen S (SGTF) de casos muestreados en Sudáfrica indican un crecimiento del 21% por día en relación con Delta, lo que genera un aumento del número de reproducción en un factor de 2,4. [a] Omicron se convirtió en la cepa mayoritaria en Sudáfrica alrededor del 10 de noviembre. [310] [311] Otro análisis mostró un crecimiento del 32% por día en Gauteng, Sudáfrica, habiéndose convertido en dominante allí alrededor del 6 de noviembre. [312]
En el Reino Unido, la tasa de crecimiento logarítmico de los casos de falla del gen S asociado a Omicron (SGTF) sobre los casos de gen S positivo (SGTP) se estimó en 0,37 por día, [b] lo cual es excepcionalmente alto. [313] Además, el 14 de diciembre parece haberse convertido en la cepa más dominante. [c] [314] Sin suponer un cambio de comportamiento en respuesta a la variante, se proyecta un millón de infecciones por día para el 24 de diciembre, lo que representa un tiempo de duplicación de 2,5 días. [d] [282] En Dinamarca, la tasa de crecimiento ha sido más o menos similar, con un tiempo de duplicación de aproximadamente 2 a 3 días, habiéndose convertido en la cepa más prevalente el 17 de diciembre. [315] [316] [317] Suiza no se queda atrás. [318] En Alemania, Omicron se convirtió en la variante más frecuente el 1 de enero. [319] En Escocia, Omicron aparentemente se convirtió en la variante más frecuente el 17 de diciembre. [320] [321] En la provincia canadiense de Ontario se convirtió en la cepa más prevalente el 13 de diciembre. [322] En los EE. UU., la variante parece haberse convertido en la cepa más prevalente el 18 de diciembre, con un crecimiento de 0,24 por día. [323] En Portugal, Omicron había alcanzado el 61,5% de los casos el 22 de diciembre. [324] En Bélgica, la cepa se convirtió en la más prevalente el 25 de diciembre, [325] y en los Países Bajos el 28 de diciembre. [326] En Italia, había alcanzado el 28% de los casos el 20 de diciembre y se duplicaba cada dos días, [327] mientras que en Noruega se convirtió en la variante dominante el 25 de diciembre. [328] En Francia, representaba alrededor del 15% de los casos de COVID-19 a mediados de diciembre, pero alrededor del 27 de diciembre había aumentado a más del 60%. [329] [330] Los investigadores recomiendan tomar muestras de al menos el 5% de las muestras de pacientes con COVID-19 para detectar Omicron u otras variantes emergentes. [331]
Durante enero de 2022, en Dinamarca, la variante BA.2 creció a ~0,10 por día (+11 % por día) como proporción con BA.1 (la variante heredada de Omicron) y se convirtió en la cepa dominante en la semana 2 de 2022. [ 164] En el Reino Unido, la variante BA.2 estaba creciendo a ~0,11 por día (+12% por día) como proporción con BA.1. [332]
El 13 de enero de 2022, la BBC informó que la tasa de hospitalización era mayor en Estados Unidos y Canadá que en Europa y Sudáfrica. Esto se atribuyó a una combinación de un mayor número de personas mayores que en Sudáfrica, una mayor prevalencia de comorbilidades como hipertensión y obesidad que en Europa, una mayor transmisión en interiores debido al invierno y una menor tasa de vacunación en Estados Unidos que en Europa y Canadá. , y una posible prevalencia aún alta de la variante Delta , que con mayor frecuencia conduce a la hospitalización. [333]
Sikhulile Moyo , científica que descubrió el SARS-CoV-2 Omicron
Notas
^ Con un intervalo serial presumiblemente idéntico de persona a persona de log e (2,4)/0,21 ~ 4,2 días, o una distribución del mismo al mismo efecto.
^ La tasa de crecimiento logarítmico de 0,37/día significa que las probabilidades logarítmicas log e (SGTF/SGTP) aumentan 0,37 en un día. Entonces, SGTF/SGTP aumentaba en un factor multiplicativo de exp(0,37) ~ 1,45. Esto es sustancialmente más alto que un aumento ingenuo al 100%+37%. La diferencia se debe matemáticamente al crecimiento compuesto dentro del día, lo que no implica que las personas epidémicamente ya sean contagiosas en un día. Más bien, se utilizan ecuaciones diferenciales simplificadas (sin retardo) por conveniencia para el modelado. Esto también indica un tiempo de duplicación de log e (2)/(0,37/día) ~ 1 día para la relación de prevalencia de Omicron a Delta.
^ Refiriéndose a la referencia 12 en la referencia, donde se cruza el eje x el 14 de diciembre.
^ Un tiempo de duplicación de 2,5 días corresponde a una tasa de crecimiento exponencial de ln(2)/(2,5 días) ~ 0,28/día. La comparación directa con la tasa de crecimiento logístico debe tener en cuenta el crecimiento/disminución de Delta.
Referencias
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