Durante su mandato los soviéticos retiraron sus tropas de ocupación, si bien continuaron apoyando económica y militarmente su régimen.Desde entonces, vivió asilado en la sede de la ONU en Kabul hasta que en 1996 los talibanes irrumpieron en la capital afgana, castrándolo y asesinándolo públicamente.Najibulá se vio obligado a refugiarse en Moscú, donde permaneció hasta la entrada del Ejército Soviético en la guerra de Afganistán.Durante este tiempo, el personal de inteligencia aumentó de 120 empleados a aproximadamente 25 000, controlados por 1500 oficiales del KGB, y su presupuesto se incrementó en un 1000 %, aportado directamente por la Unión Soviética,[8] ante la cual respondía directamente, sin pasar por el gobierno afgano.Durante una conferencia del PDPA, Najibulá declaró -en relación con este adoctrinamiento-que los oficiales de la inteligencia afgana tenían «un arma en una mano y un libro en la otra».[10] Las actividades terroristas del JAD alcanzaron su ápice bajo el mandato de Najibulá,[11] protagonizando numerosas violaciones a los derechos humanos (torturas y ejecuciones extrajudiciales).Sus principales objetivos fueron los opositores al comunismo y las clases más instruidas de la sociedad.[16] Yuri Andrópov, Borís Ponomariov y Dmitri Ustínov tenían un alto concepto de su persona.Durante su investidura la policía tuvo que disolver manifestaciones en apoyo al anterior líder, Babrak Karmal, y tropas soviéticas vigilaron varios edificios gubernamentales para evitar un golpe de Estado.En realidad, Karmal tenía aún suficientes apoyos como para provocar la caída de Najibulá en cuanto perdiera el apoyo de Moscú, e hizo saber que considera su mandato un mero interregno, tras el cual retomaría la secretaría general del Partido.La decisión fue apoyada por Andréi Gromyko, Yuli Vorontsov, Eduard Shevardnadze, Anatoli Dobrynin y Víktor Chébrikov.Karmal fue exiliado a Moscú, donde el Estado Soviético le entregó un apartamento y una dacha, donde permaneció bajo estrecha vigilancia.Líderes de siete grupos rebeldes se reunieron ese mismo mes en Peshawar y acordaron rechazar la propuesta del gobierno.En los años siguientes continuarían abandonando la lucha miles de muyahidines, cuyo número total mermó considerablemente.[23] Aunque el programa fracasó, Najibulá logró reclutar a muyahidines descontentos para formar milicias pro-gubernamentales.La carta magna debilitaba el poder absoluto del Jefe de Estado al cancelar su veto definitivo.Posteriormente, Najibulá admitiría que esas detenciones arbitrarias fueron un error y alegó haberlas realizado a petición de la KGB.En 1989 el Ministerio de Educación Superior comenzó a trabajar en la desovietización de las universidades, y en 1990 llegó anunciarse que todos los miembros del Partido eran musulmanes, y que el Partido había renegado del marxismo.La Constitución de 1990, que borraba toda referencia al socialismo, definía Afganistán como un Estado unitario islámico e independiente.De acuerdo con las grandiosas expectativas del mismo, la economía, que había crecido hasta entonces a un ritmo inferior al 2 % anual, debía desarrollarse un 25 % en esos años.Ese mismo año, el gobierno fundó las universidades de Balj y Herat.También en 1988, el presidente Najibulá, ante el temor de la victoria fundamentalista, ordenó sacar del Museo Nacional de Kabul 22 000 piezas arqueológicas y esconderlas en cofres del Banco Nacional en las bóvedas subterráneas del palacio presidencial, donde quedaron guardadas bajo siete llaves, cada una de ellas entregada a una persona diferente, sin que esas personas supieran quiénes eran las demás, teniéndose que reunir todas con todas las llaves para poder abrir los cofres.Los talibanes capturaron a algunas de las personas con las llaves e intentaron quitárselas por la fuerza, pero no lo lograron.Tras la caída del régimen talibán, en 2006 se pudo dar con las siete llaves y reabrir finalmente la bóveda.Esto se debía al caos reinante en esos años, que recordaba a la gente la relativa paz del gobierno anterior.Esta no es reconocida por los afganos como la frontera legítima y firmar ese tratado hubiera supuesto una grave traición.[39] Desde la caída del régimen talibán, los discursos y retratos de Najib se han vuelto muy populares en la población, especialmente en la capital.[41] En 2008, Radio Kabul realizó una encuesta sobre la pregunta «¿Cuál de los regímenes políticos del pasado y el presente considera más adecuado a sus intereses?».[42] Con motivo del 12º aniversario de su muerte, sus partidarios pudieron reunirse por primera vez para honrar su memoria.
