Este papel le valió que la importante casa operística alargara su contrato por siete años más.
Su devoción por la música sacra es legendaria, atesorando actuaciones especialmente junto a su colega y amiga, la directora Blanche Moyse en The New England Bach Festival de Vermont (Eugene, Oregon) dirigida por Helmuth Rilling y el toque místico que aportó su presencia en el Bethlehem Bach Festival de Pensilvania en el cual colaboró con su director Greg Funfgeld.
Trabajó junto a afamados directores, entre ellos: Claudio Abbado, Leonard Bernstein, Karl Böhm, Riccardo Chailly, Bernard Haitink, Christopher Hogwood, Lorin Maazel, Kurt Masur, Riccardo Muti, Seiji Ozawa, Trevor Pinnock, Simon Rattle, Helmuth Rilling, Georg Solti, Nicholas McGegan y Klaus Tennstedt; y estrenó obras de compositores contemporáneos como Alfred Heller, Richard Hundley, Ned Rorem, Libby Larsen y Judith Zaimont.
Arleen Auger eligió para residir un pequeño pueblo cerca de Ámsterdam llamado Leusden.
En febrero de 1992, mientras grababa en Múnich con sir Colin Davis, comenzó a sufrir convulsiones y le fue diagnosticado un tumor cerebral en el lóbulo parietal derecho.
Un examen posterior a la intervención confirmaría el diagnóstico: glío-blastoma, un tumor altamente maligno.
Buscando mayor seguridad en la medicina norteamericana que la ofrecida en Holanda, fue intervenida quirúrgicamente en el Hospital Monte Sinaí de Nueva York.
Tras la aplicación de esta cirugía, Arleen Augér declinó la radioterapia por temor a destruir el tejido sano.
Se sometió a dos intervenciones quirúrgicas posteriores que agravaron mucho su ya resquebrajada salud.
Sus restos fueron inhumados en Cresthill Garden, una pequeña colina situada en el Ferncliff Cemetery and Mausoleum de Hartsdale (Nueva York); donde yacen Béla Bartók, Michel Fokine, Aaliyah y Judy Garland entre otras personalidades del arte mundial.
La muerte prematura de Arleen Augér no ha hecho caer en el olvido su carrera.