Ese mismo año, falleció de forma imprevista Eduard van Beinum, el entonces director titular del Concertgebouw, y se abrió la sucesión para el puesto.
Luego de alternar la titularidad de la formación durante tres años con el ilustre maestro alemán —toda la crítica coincide en que aquello fue un buen arreglo; Jochum era treinta años mayor que Haitink y supo ejercer a la perfección como consejero del aún muy joven director holandés— en 1964 fue designado único director titular y artístico de la formación.
Finalmente, se llegó a un acuerdo con el gobierno holandés y la tensa situación pudo ser solucionada.
Pero los responsables de la orquesta no compartían esta visión y al final se vio obligado a presentar la dimisión.
La noticia causó un enorme estupor en los círculos musicales internacionales, y al final se llegó a un acuerdo por el que Haitink prolongaría su mandato hasta 1988.
La estancia de Bernard Haitink al frente del Covent Garden se prolongó hasta 2002.