Eduard van Beinum comenzó como violista en la Arnhemse Orkestvereniging, donde ya su padre había tocado el contrabajo y su hermano era violinista.
Su primera posición como director fue en la Haarlem Symfonieorkest (1927-31), que consiguió llevar a un notable nivel.
En 1929 recibió la primera invitación del Concertgebouworkest Ámsterdam y 1931 pasó a ocupar allí el puesto vacante de segundo director.
Van Beinum recibió muchas ofertas para convertirse en director titular de orquestas neerlandesas; cuando en 1937 le llegó una propuesta de la Residentie Orkest Den Haag, considerada la segunda mejor del país, en principio parecía dispuesto a aceptarla, pero los músicos y la administración del Concertgebouworkest quiso que permaneciera, por lo que le ofrecieron convertirse en Segundo Director Principal junto a Mengelberg.
Junto a ello, en 1948 y 1949 tuvo ese mismo puesto en la London Philharmonic Orchestra.