Además, desde su creación, Puntlandia tiene conflicto con la también separada Somalilandia, por zonas fronterizas y así como los clanes del resto de Somalia.
Puntland es la tierra por excelencia del incienso, que puede ser considerado su producto más típico.
Los relieves que decoran los muros del templo en Deir el-Bahari muestran una expedición naval egipcia al País de Punt organizada por Hatshepsut, reina gobernante y regente con Tutmosis III (Dinastía XVIII).
Plinio el Viejo menciona «el Puerto y el promontorio de las especies Barbaroi», refiriéndose al cabo Guardafui.
Las principales ciudades constituyeron pequeños estados comerciales, pero solo constan hallazgos arqueológicos, y no ha quedado rastro escrito.
Son los árabes los que dan a los habitantes del país el nombre de somalís.
Toda la región estaba bajo influencia musulmana en el siglo XIII, la cual se extendía desde la zona al oeste del cabo Guardafui (en el norte) hasta Merca (Marka), capital del dominio de los somalíes Hawiyya.
Los Hawiyya de Merca, mezclados con emigrantes árabes, dieron origen en el siglo XV, a la dinastía Ajuran, que gobernó la zona del río Shebelle.
Más al norte de Merca se sitúa Mogadiscio, la cual constituía una ciudad-estado.
En 1516, los portugueses llegaron hasta Zeila, y poco después los otomanos empezaron a disputarles la influencia en la región.
En 1840 el sultán Sayyid Said trasladó su capital a Zanzíbar y el dominio zanzibarí se hizo más efectivo, aunque nunca sobrepasó la zona costera.
Los británicos se establecieron en el Norte de Somalia en 1887, al tiempo que Leonce Lagarde era nombrado gobernador francés en Obock.
Las posesiones del sultán comprendían desde Bender Ziada en el Golfo de Adén al Cabo Gabee o Ras Maber, en el Océano Índico.
Al Sur quedaban los dominios del sultán de Obbia, Alí Yusuf.
Más tarde, en 1925, por cesión de Gran Bretaña, se le incorporó la región del Transjuba (ital.
El Ogadén fue reintegrado a Etiopía en 1948 cuando las Naciones Unidas asumieron el mandato internacional sobre Somalia, en la cual, de facto, persistió la administración británica.
Poco después se creó el primer Consejo territorial consultivo, cuya primera reunión tuvo lugar en Mogadiscio en 1951.
La bandera era probablemente roja con el emblema del territorio: dos medias lunas enfrentadas con una estrella en el centro.
De otro las fuerzas centrífugas interiores se mostraban insatisfechas con el Estado unitario, por las diferencias regionales existentes.
Grupos somalíes (los Shiftas) efectuaron durante los años sesenta y setenta incursiones en territorio de Kenia.
No cabe negar los logros del régimen de Barre, con fuerte apoyo soviético.
Los militares de la etnia Ogadení, la misma que Nur, se rebelaron y crearon el Movimiento Patriótico Somalí, en el sur.
En enero de 1991, Barre, al que solo apoyaba el clan Marehan, huyó del país.
Ali Mahdi Muhammad, del CSU, se autoproclamó presidente no siendo aceptado por otros líderes, sobre todo por Mohamed Farrah Aidid, del Ejército Nacional de Somalia (Marehan), reiniciándose la guerra civil.
Todos los delegados pertenecían a los clanes o subclanes Darods de Majerteen, Dulbahanti, Warsangeli, Lelcase y Awrtable.
Algunas zonas consideradas incluidas en Puntland se encuentran bajo el control del gobierno de Somaliland.
Personas próximas a Musa habían advertido de una fisura si un grupo nombraba su líder propio al frente del nuevo poder regional.
Puntlandia comenzó a experimentar malestar político en el 2001 cuando el presidente Abdullahi Yusuf Ahmed quiso que su mandato fuera prolongado.
En diciembre de 2004 Puntlandia sufrió daños serios durante el tsunami que siguió al terremoto del Océano Índico.
Adde luego anunció que Puntlandia se opondría a cualquier ataque realizado por las Cortes Islámicas.