Cerca de Mogadiscio gira bruscamente al sudoeste, donde sigue la costa.

Por debajo de Mogadiscio, el río se convierte en estacional.

La mayoría de los años el río se seca cerca de la desembocadura del río Juba, mientras que en las estaciones de fuertes precipitaciones el río llega incluso hasta el Juba y así al océano Índico.

El río Fafen no llega al Shebelle más que en épocas de inundaciones, ya que en estaciones normales se seca antes.

En el pasado, el área del río Shebelle estaba muy afectada por enfermedades transmitidas por moscas tse-tsé, pero parece que se han erradicado al menos en algunas partes del río Shebelle.