El Gobierno Federal de Transición oficialmente era el poder ejecutivo del Estado, mientras que el Parlamento Federal de Transición era el poder legislativo.

El gobierno estaba encabezado por el presidente de Somalia, a quien el Gabinete informaba a través del primer ministro.

Sin embargo, también se utilizó como término general para referirse a los tres poderes colectivamente.

Respaldado por las Naciones Unidas, la Unión Africana y los Estados Unidos, el Gobierno Federal de Transición luchó contra los insurgentes de Al-Shabbaab para asumir el pleno control de la parte meridional del país.

[3]​ Presidente del Gobierno Nacional de Transición: Presidentes del Gobierno Federal de Transición: Presidentes interinos del Gobierno Federal: Primer presidente del Gobierno Federal: Los miembros del Gobierno Federal de Transición eran: